Một số phương pháp quản lí độ trong và màu nước cho hệ thống nuôi:

- Khi màu nước ao quá đậm, độ trong quá thấp:

+ Cần tiến hành siphon loại bỏ phân thải, thức ăn thừa ra khỏi ao nuôi.

+ Thay nước từ 10% đến 20% hằng ngày để giảm mật độ tảo

+ Sử dụng chế phẩm sinh học để tạo hệ vi sinh vật có lợi, tăng cường phân huỷ chất hữu cơ

+ Sử dụng hoá chất như benzalkonium chloride (BKC), copper sulphate (CuSO₄) phun xuống ao để diệt tảo trong ao

- Dùng lưới đen che bớt bề mặt hệ thống nuôi để giảm cường độ ánh sáng, giảm khả năng quang hợp của tảo.

+ Sử dụng nước vôi trong hoặc phèn nhôm, thạch cao để tăng cường kết với phù sa nhưng cần chú ý đến sự thay đổi độ pH khi xử lí.

- Khi nước ao nhạt màu, độ trong quá cao:

+ Thúc đẩy tảo phát triển bằng cách bón phân vô cơ hoặc cám gạo, bột cá, bột đậu nành kết hợp với chế phẩm vi sinh và rỉ mật đường.