Nuôi trồng thuỷ sản theo tiêu chuẩn VietGAP không gây ô nhiễm môi trường vì những lí do sau:

- Kiểm soát nguồn gốc con giống giúp hạn chế nguy cơ dịch bệnh, giảm thiểu sử dụng hóa chất và thuốc thú y, góp phần bảo vệ môi trường.

- Giảm thiểu lượng thức ăn dư thừa, hạn chế ô nhiễm môi trường nước do chất thải từ thức ăn.

- Giúp giảm thiểu tác động tiêu cực đến môi trường và hệ sinh thái.

- Giảm thiểu ô nhiễm môi trường nước, bảo vệ hệ sinh thái và sức khỏe cộng đồng.