Công cụ để lập trình cho bo mạch lập trình vi điều khiển là phần mềm lập trình. Phần mềm sẽ được cài đặt trên máy tính để lập chương trình và nạp chương trình vào bo mạch vi điều khiển qua công truyền thông. Ví dụ, với bo mạch lập trình Arduino sử dụng phần mềm Arduino IDE.