a) Địa hình, đất

- Đặc điểm:

+ Đồi núi chiếm 3/4 diện tích lãnh thổ, có nhiều núi lửa. Phần lớn núi có độ cao trung bình, một số đỉnh núi cao trên 2000m (Phú Sĩ cao 3776 m). Có nhiều đất đỏ.

+ Đồng bằng nằm ven biển, nhỏ và hẹp, lớn nhất là đồng bằng Can-tô, chủ yếu là đất pốt dôn, đất phù sa.

- Ảnh hưởng:

+ Địa hình núi cao gây khó khăn cho giao thông trong các vùng, một số núi phát triển du lịch (Phú Sĩ).

+ Các đồng bằng ven biển có đất đai màu mỡ thích hợp trồng cây lương thực, định cư.

b) Khí hậu

- Đặc điểm:

+ Khí hậu ôn đới gió mùa và cận nhiệt đới gió mùa, có sự thay đổi từ bắc xuống nam.

+ Mưa nhiều, lượng mưa trung bình năm khoảng 1800 mm, có nơi lên đến 4000 mm.

- Ảnh hưởng: Khí hậu phân hóa tạo điều kiện cho Nhật Bản phát triển cây trồng, vật nuôi đa dạng, thuận lợi cho du lịch.

c) Sông, hồ

- Đặc điểm:

+ Mạng lưới sông khá dày, đa số đều ngắn, dốc, sông lớn nhất là Si-na-nô.

+ Có nhiều hồ (Bi-oa, Ca-xu-mi…), nhiều thác nước (Ka-mui-oa-ka, Fu-ku-rô-da…), suối khoáng nóng (I-u-phu-in, Ha-kô-ne…)

- Ảnh hưởng:

+ Sông có ít giá trị giao thông nhưng có giá trị về thủy điện và cung cấp nước cho sản xuất, sinh hoạt.

+ Hồ có giá trị cao với du lịch, nghỉ dưỡng.

d) Biển

- Đặc điểm:

+ Đường bờ biển dài, khúc khuỷu, tạo nên nhiều vũng, vịnh rộng, kín gió.

+ Vùng biển giàu hải sản, chiếm 25% số loài cá biển trên toàn thế giới.

+ Các dòng biển nóng và lạnh gặp nhau tạo nên nhiều ngư trường lớn với nhiều loại cá: ngừ, thu, mòi, trích, hồi.

- Ảnh hưởng:

+ Vùng biển nhiều vũng vịnh thuận lợi để xây dựng cảng biển, phát triển giao thương.

+ Vùng biển giàu hải sản là điều kiện thuận lợi để phát triển ngành đánh cá.

e) Sinh vật

- Đặc điểm:

+ Có tỉ lệ che phủ rừng lớn (2/3 diện tích lãnh thổ) với nhiều loại rừng: rừng lá kim, rừng lá rộng, rừng nhiệt đới ẩm.

+ Nhiều vườn quốc gia đã được UNESCO ghi danh là Di sản thế giới vì có giá trị nổi bật về thiên nhiên.

- Ảnh hưởng: Rừng và các vườn quốc gia là tài nguyên có giá trị cao để phát triển ngành lâm nghiệp và du lịch, điều hòa khí hậu

g) Khoáng sản

- Đặc điểm: Nghèo khoáng sản, một số loại khoáng sản như: than đá, đồng, vàng, sắt, chì, kẽm với trữ lượng nhỏ.

- Ảnh hưởng: là khó khăn cho Nhật Bản trong việc phát triển kinh tế vì thiếu nguồn nguyên - nhiên liệu cho các ngành công nghiệp, tốn kém cho chi phí nhập khẩu.