Điểm khác biệt về sự biến động của tần số allele gây nên bởi chọn lọc tự nhiên và phiêu bạt di truyền:

- Chọn lọc tự nhiên làm thay đổi tần số allele theo một hướng xác định. Còn phiêu bạt di truyền làm thay đổi tần số allele một cách vô hướng (lúc tăng, lúc giảm).

- Chọn lọc tự nhiên chỉ làm gia tăng tần số allele có lợi. Còn phiêu bạt di truyền có thể làm gia tăng tần số allele có hại, loại bỏ hoàn toàn allele có lợi khỏi quần thể.

- Chọn lọc tự nhiên có thể làm nghèo vốn gene hoặc không làm nghèo vốn gene (tuỳ kiểu chọn lọc). Còn phiêu bạt di truyền luôn làm nghèo vốn gene của quần thể.