Hệ sinh thái tự nhiên có tính ổn định cao hơn hệ sinh thái nhân tạo vì:

 - Hệ sinh thái tự nhiên sử dụng nguồn vật chất và năng lượng sẵn có trong tự nhiên, có thành phần loài đa dạng, giữa các loài có mối quan hệ phức tạp tuân theo các quy luật tự nhiên, do vậy có tính ổn định cao hơn.

- Hệ sinh thái nhân tạo có ít loài, mối quan hệ giữa các loài lỏng lẻo, thành phần loài và nguồn vật chất, năng lượng chịu sự chi phối của con người. Do vậy, khả năng tự điều chỉnh của hệ sinh thái nhân tạo không cao, dễ bị phá vỡ.