Thủy điện là đại công trình có tác động mạnh đến nhân tố vô sinh như dòng chảy, lượng nước của thượng nguồn, hạ nguồn, ảnh hưởng đến phù sa bồi lắng,... qua đó sẽ ảnh hưởng trực tiếp đến nơi sống, sinh sản của nhiều loài sinh vật cả ở dưới nước và trên cạn; gây biến đổi đồng loạt môi trường, cấu trúc quần xã sinh vật và đời sống của con người. Do đó, cần phải phân tích đánh giá đầy đủ những tác động này tới hệ sinh thái trước khi xây dựng.