Gợi ý chọn giống vật nuôi dựa vào nguồn biến dị tổ hợp trong phép lai hữu tính: 

- Chọn lọc biến dị tổ hợp theo kinh nghiệm: Giống vật nuôi được chọn dựa trên những kinh nghiệm đúc kết qua nhiều thế hệ. Ví dụ: chọn lợn theo tiêu chí "Mõm gầu giai, tai lá mít, đít lồng bàn" hay "Gà đen chân trắng". 

- Chọn lọc biến dị tổ hợp dựa trên thông tin của tổ tiên: Chọn những cá thể sinh ra từ ông bà, bố mẹ hoặc họ hàng có năng suất cao, chất lượng tốt; cá thể được chọn cũng có những đặc điểm tương tự. Ví dụ: chọn bò con có ngoại hình đẹp, sinh trưởng tốt, được sinh ra từ bò bố/mẹ, ông/bà có ngoại hình đẹp, sinh trưởng tốt. 

- Chọn lọc bằng chỉ thị phân tử kết hợp lai hữu tính: Ứng dụng chỉ thị phân tử để xác định mối liên hệ giữa một hoặc một số tính trạng số lượng hay chất lượng với một gene hoặc một số gene. Từ đó chọn lựa được những tổ hợp có các locus gene quy định các tính trạng tốt, sau đó bồi dưỡng, nhân lên tạo giống. Ví dụ: lợn Pietrain của Bỉ là giống lợn có tỉ lệ nạc cao nhưng loại lợn này rất nhạy cảm với trầm cảm. Ứng dụng kĩ thuật PCR, các nhà khoa học đã tìm thấy mối liên hệ giữa gene halothan với hội chứng này. Nhờ đó, các nhà chọn giống tạo ra những con lợn không bị trầm cảm. 

- Chọn lọc bằng bộ gene kết hợp lai hữu tính: Thực hiện các phép lai giữa các cá thể mang nguồn gene nhập khẩu và các cá thể mang nguồn gene nội địa thuần. Các cá thể con sinh ra phù hợp điều kiện chăm sóc, chăn nuôi; phù hợp khí hậu của Việt Nam và có năng suất như giống nhập nội. Ví dụ: dê lai ba máu BBC (Boer × Bách thảo × Cỏ) có khối lượng lúc trưởng thành đạt trên 100 kg, tỉ lệ thịt xẻ đạt trên 50%.