Chướng ngại địa lí là các vật cản chia cắt các quần thể như sông, núi, biển,... Trong quá trình hình thành loài chướng ngại địa lí không phải là nguyên nhân trực tiếp gây ra những biến đổi tương ứng trên cơ thể sinh vật mà là nhân tố tạo điều kiện cho sự phân hóa trong loài:

- Chướng ngại địa lí làm cho các quần thể trong loài bị cách li nhau trong những điều kiện địa lí khác nhau → Tạo điều kiện cho chọn lọc tự nhiên tích lũy các đột biến và biến dị tổ hợp theo những hướng khác nhau. 

- Chướng ngại địa lí khiến các cá thể của các quần thể trong loài ít có điều kiện giao phối tự do → Duy trì sự khác biệt về cấu trúc di truyền của các quần thể. Khi sự khác biệt này đủ lớn dẫn đến cách li sinh sản thì loài mới được hình thành.