Chất thải và rác thải trong chăn nuôi ảnh hưởng đến môi trường và sức khỏe của con người: Đối với các cơ sở chăn nuôi, các chất thải gây ô nhiễm môi trường:

- là địa điểm trú ngụ của nhiều loại côn trùng gây nguy hiểm, như ruồi, muỗi, gián, các vi khuẩn gây bệnh… đây là những loại rất dễ dàng truyền các bệnh nguy hiểm như: sốt xuất huyết, tay chân miệng, hay nguy hiểm hơn là mần móng của các bệnh ung thư, hô hấp…

- Có ảnh hưởng trực tiếp tới sức khỏe con người, làm giảm sức đề kháng vật nuôi, tăng tỷ lệ mắc bệnh, năng suất bị giảm, tăng các chi phí phòng trị bệnh, hiệu quả kinh tế của chăn nuôi không cao,...

- Ảnh hưởng rất nhiều đến nguồn nước ngầm (với nhiều hộ ở nông thôn vẫn hay dùng giếng làm nước sinh hoạt chính, nên nguồn nước ngầm rất quan trọng), hay nguồn đất có thể bị ảnh hưởng.

- Bón phân động vật không qua xử lý, sẽ làm chết cây, gây úng hoặc thối rễ.