- Quy trình cơ bản tách chiết DNA bằng phương pháp cột silica gồm các bước:

+ Bước 1: Li giải tế bào.

+ Bước 2 - Gắn cột: Hỗn hợp chứa DNA thu được sau quá trình li giải sẽ được chuyển lên màng silica thông qua quá trình li tâm với tốc độ 13 000 vòng/phút, các thành phần còn lại sẽ đi qua màng và chuyển sang đáy ống li tâm. Tiến hành loại bỏ tạp chất và tách DNA ra khỏi dung dịch.

+ Bước 3 - Rửa: Loại bỏ các tạp chất để thu được DNA tinh sạch bằng ethanol (đối với mẫu sinh phẩm lấy từ vi khuẩn) hoặc bằng muối chaotropic và ethanol (đối với mẫu sinh phẩm lấy từ động, thực vật).

+ Bước 4 - Thu nhận DNA: Li tâm làm khô cột silica rồi tiến hành rửa giải để thu nhận DNA bằng dung dịch muối Tris 10mM ở pH 8 – 9 hoặc nước.

- Nguyên lí của tách chiết DNA bằng phương pháp cột silica là sử dụng các muối chaotropic có vai trò hỗ trợ cho quá trình liên kết giữa DNA với các hạt silica và được giữ lại, các thành phần khác (polysaccharide, protein,...) không thể gắn lên màng sẽ bị loại bỏ để thu nhận DNA tinh sạch.