Các tác nhân gây hại cho hệ tiêu hoá có thể kể đến như:

- Các tác nhân sinh học:

+ Nhóm vi sinh vật hoại sinh: ở miệng, các vi sinh vật thường bám vào các kẽ răng để lên men thức ăn, tạo ra môi trường acid làm hỏng răng. Ở ruột và dạ dày, các vi sinh vật thường gây ôi thiu thức ăn, gây rối loạn tiêu hoá với các triệu chứng như: tiêu chảy, đau bụng, nôn ói,...

+ Nhóm sinh vật kí sinh: Giun sán kí sinh gây viêm loét niêm mạc ruột. Vi sinh vật kí sinh trong ống tiêu hoá, tuyến tiêu hoá gây viêm loét thành ống và tuyến tiêu hoá.

+ Nhóm vi khuẩn, virus kí sinh gây hại cho hệ tiêu hoá.

- Các chất độc trong thức ăn, đồ uống: có thể làm tê liệt lớp niêm mạc của ống tiêu hoá gây ung thư cho hệ tiêu hoá.

- Ăn không đúng cách: có thể làm hoạt động tiêu hoá kém hiệu quả, gây hại cho hệ tiêu hoá.

- Khẩu phần ăn không hợp lí: có thể gây rối loạn tiêu hoá, tiêu chảy, nôn ói,...