Khi cuộc phản công quân Pháp thất bại, Tôn Thất Thuyết phải đưa vua chạy ra Tân Sở (Quảng Trị), Tại đây, ngày 13 tháng 07 năm 1885, ông nhân danh vua Hàm Nghi ra Chiếu Cần Vương", kêu gọi văn thân và nhân dân đứng lên giúp vua Hàm Nghi cứu nước. Từ đó, một phong trào yêu nước chống xâm lược đã dâng lên sôi nổi, kéo dài đến cuối thế kỉ XIX, được gọi là phong trào Cân Vương.

Đối với thực dân Pháp, việc ký Hiệp ước Patơnôt ngày 6-6-1884 đã chấm dứt giai đoạn xâm lược ngót 30 năm. Nhưng cuộc kháng chiến của nhân dân ta vẫn còn âm ỉ trong hoàn cảnh mới. Phong trào Cần Vương nổ ra vào cuối thế kỷ 19 do đại thần nhà Nguyễn là Tôn Thất Thuyết nhân danh vị hoàng đế trẻ Hàm Nghi đề xướng trước nạn xâm lược của thực dân Pháp.

Sau khi chiếu Cần Vương phát ra, nhiều văn thân, sĩ phu yêu nước đã nổi dậy hưởng ứng. Họ tập hợp nghĩa binh, xây dựng cân cứ, đấu tranh quyết liệt với thực dân Pháp và tay sai, trên một địa bàn rộng lớn, tập trung ở các tỉnh bắc Kì và Trung Kì.

Trước những khó khăn ngày càng lớn, tháng 12-1886 Tôn thất Thuyết sang Trung Quốc cầu viện. Cuối năm 1888, do sự chỉ điểm của Trương Quang Ngọc, vua Hàm Nghi rơi vào tay giặc. Nhà vua hiên ngang cự tuyệt mọi sự dụ dỗ của Pháp. chấp nhận đi đày ở An-giê-ri, một thuộc địa của Pháp ở Bắc Phi.

Trong điều kiện ngày càng khó khăn, số lượng các cuộc khởi nghĩa có giảm bớt, nhưng lại tập trung thành những trung tâm kháng chiến lớn. Tiêu biểu là cuộc khởi nghĩa Bãi Sậy, khởi nghĩa Ba Đình và Hùng Lĩnh, khởi nghĩa Hương Khê.

Mặc dù, có những bước phát triển mới, phong trào vẫn không khắc phục được tình trạng lẻ tẻ, địa phương, thiếu liên kết. Phong trào Cần Vương suy yếu dần; từng cuộc khởi nghĩa lần lượt bị tiêu diệt. Từ cuối năm 1895 đầu 1896, khi tiếng súng cuộc khởi nghĩa Hương Khê của Phan Đình Phùng thất bại, phong trào Cần Vương coi như chấm dứt.

Tháng 11 năm 1888, nhờ có tay sai dẫn đường, quân Pháp vào được nơi ở của nhà vua, bắt và đưa Hàm Nghi đi đày sang An-giê-ri (châu Phi).

Tuy Hàm Nghi bị bắt nhưng phong trào Cần Vương vẫn được duy trì và dần quy tụ thành những cuộc khởi nghĩa lớn, có quy mô và trình độ tổ chức cao hơn trong giai đoạn 1888 - 1896.