Quá trình chuyển gen được thực hiện qua các bước sau :

1. Xác định gen liên quan đến tính trạng cần quan tâm.

2. Phân lập gen (PCR hoặc sàng lọc từ thư viện cDNA hoặc từ thư viện genomic DNA).

3. Gắn gen vào vector biểu hiện (expression vector) để biến nạp.

4. Biến nạp vào E. coli.

5. Tách chiết DNA plasmid.

6. Biến nạp vào mô hoặc tế bào thực vật bằng một trong các phương pháp khác nhau đã kể trên.

7. Chọn lọc các thể biến nạp trên môi trường chọn lọc.

8. Tái sinh cây biến nạp.

9. Phân tích để xác nhận cá thể chuyển gen (PCR hoặc Southern blot) và đánh giá mức độ biểu hiện của chúng (Northern blot, Western blot, ELISA hoặc các thử nghiệm in vivo khác...).