Trong các hình thức nuôi đã được đề cập, hình thức "d nuôi thâm canh đơn loài" thường tích tụ nhiều chất hữu cơ trong nước hơn.

Nguyên nhân là do nuôi thâm canh đơn loài thường có mật độ nuôi cao, khiến cho lượng thức ăn dư thừa và phân thải từ động vật nuôi tăng lên, dẫn đến việc tích tụ chất hữu cơ trong môi trường nước. Điều này có thể gây ra ô nhiễm và thiếu oxy trong nước, ảnh hưởng xấu đến sự phát triển của động vật thủy sản và hệ sinh thái. Các hình thức nuôi khác như nuôi tôm trong rừng ngập mặn hay nuôi xen canh cá - lúa thường được thiết kế để giảm thiểu tác động này thông qua sự đa dạng sinh học và các biện pháp quản lý môi trường tốt hơn.