Có 2 loại cơ quan
Cơ quan sinh dưỡng gồm thân, rễ, lá thực hiện chức năng sinh dưỡng của cây như: quang hợp, hô hấp, vận chuyển các chất,...
Cơ quan sinh sản gồm hoa, quả, hạt thực hiện chức năng sinh sản của cây

Chức năng của mỗi cơ quan ở thực vật có hoa
Rễ: Hấp thụ nước và các muối khoáng cho cây
Lá: Thu nhận ánh sáng để chế tạo chất hữu cơ cho cây, Trao đổi khí với môi trường bên ngoài và thoát hơi nước
Mạch gỗ , mạch rây: Vận chuyển nước và muối khoáng từ rễ lên lá và chất hữu cơ từ lá đến tất cả các bộ phận khác của cây
Hoa: Thực hiện thụ phấn, thụ tinh và tạo quả, kết hạt
Quả: Bảo vệ hạt và góp phần phát tán hạt
Hạt: Nảy mầm thành cây con, duy trì và phát triển nòi giống
 

Cây có hoa có 6 cơ quan và chức năng của chúng là:
- Hoa : Thực hiện thụ phấn, thụ tinh, kết hạt và tạo quả.
- Quả : Bảo vệ hạt và góp phần phát tán hạt.
- Hạt : Nảy mầm thành cây con, duy trì và phát triển nòi giống.
- Rễ : Hấp thụ nước và muối khoáng cho cây.
- Thân : Vận chuyển nước và muối khoáng từ rễ lên lá và chất hữu cơ từ lá đến tất cả các bộ phận khác của cây.
- Lá : Thu nhận ánh sáng để chế tạo chất hữu cơ cho cây, trao đổi khí với môi trường bên ngoài và thoát hơi nước.
Chức năng:
+ Bảo vệ hạt và góp phần phát tán hạt :
+ Thu nhận ánh sáng để chế tạo chất hữu cơ cho cây. Trao đổi khí và môi trường bên ngoài và thoát hơi nước : Những tế bào vách mỏng chứa nhiều lục lạp, trên lớp tế bào biểu bì có những lỗ khí đóng mở được.
+ Thực hiện thụ phấn, thụ tinh, kết hạt và tạo quả
+. Vận chuyển nước và muối khoáng từ rễ lên lá và chất hữu cơ từ lá đến tất cả các bộ phận khác của cây
+ Nảy mầm thành cây con duy trì và phát triển nòi giống
+ . Hấp thu nước và các muối khoáng cho cây .