Về vấn đề tháo gỡ bom mìn, ngày 10-11-2006, tại Trụ sở Trung tâm Công nghệ xử lý Bom mìn (BOMICEN), Bộ tư lệnh công binh tại Hà Nội, đại diện BOMICEN và Qũy cựu chiến binh Mỹ tại Việt Nam (VVAF) đã ký kết giai đoạn II dự án "Điều tra, kiểm sát và đánh giá tác động của bom mìn sau chiến tranh ở Việt Nam". Tham gia lễ ký có đại diện các quan chức cấp cao hai chính phủ Việt Nam, Hoa Kỳ, các đại sứ quán Australia và Bỉ, các cơ quan tổ chức hữu quan. Đây là một phần của nỗ lực giữa các bên trong việc khắc phục hậu quả chiến tranh. Dự án này bắt đầu được tiến hành từ năm 2001 tại 344 trên tổng số 549 xã của ba tỉnh Hà Tĩnh, Quảng Nam và Quảng Trị. Kết thúc giai đoạn I của dự án (2002) cho kết quả là: tháo dỡ bom mìn trên 421 hecta diện tích đất đai, phát hiện và xử lý an toàn 6.205 bom mìn, vật nổ các loại. Giai đoạn II của dự án tiếp tục triển khai ở ba tỉnh trên và mở rộng thêm 133 xã ở Thừa Thiên - Huế và Nghệ An. Số tiền tài trợ cho giai đoạn II này khoảng 1 triệu USD, trong đó phía VVAF tài trợ 850.000 USD. Đại sứ Mỹ tại Việt Nam, ông Micheal Marine, nói: "đây là sự kết thúc của một chương và mở ra một chương mới trong sự hợp tác giữa hai nước" và dự án "là nỗ lực để giải quyết một phần di sản của cuộc chiến trong thế kỷ trước". Những người lính từ hai chiến tuyến đã cùng bắt tay cam kết, cùng nhau quay trở lại chiến trường xưa nơi họ từng tham chiến, phối hợp "di dời và hủy bỏ những tàn dư của chiến tranh, để đất đai Việt Nam lại có thể được sử dụng, mang lại cuộc sống tốt đẹp hơn cho người dân Việt Nam".

Về vấn đề chất độc da cam, khi Tổng thống Mỹ Bill Clinton thăm Hà Nội, Chủ tịch nước Việt Nam Trần Đức Lương yêu cầu Chính phủ Mỹ “nhận trách nhiệm để giúp rà phá mìn và giải độc các căn cứ quân sự trước đây của Mỹ ở Việt Nam và giúp đỡ các nạn nhân chất độc da cam Việt Nam”.

Sáng 16-12-2006, Bộ Tài nguyên Môi trường, Đại sứ quán Mỹ và Cơ quan phát triển quốc tế Mỹ tại Việt Nam ký kết Biên bản ghi nhớ về chương trình sức khỏe và xử lý môi trường trong vấn đề giải quyết chất độc da cam ở Việt Nam. Theo đó, Quốc hội Mỹ phân bổ 6 triệu USD trong năm 2007 và 2009 cho chương trình này. Theo Đại sứ Mỹ Michael Michalak tại Việt Nam, bản ghi nhớ đánh dấu một mốc quan trọng và một cấp độ cam kết mới trong việc cùng nhau tìm các giải pháp mới và sáng tạo cho một vấn đề phức tạp.