Nhân cách và tâm hồn danh y họ Lê còn được bộc lộ ngay trong suy nghĩ của ông khi kê đơn thuốc cho thế tử Trịnh Cán. Một đấu tranh quyết liệt trước tòa án lương tâm. Một bên là sự trói buộc của công danh, một bên là cái tâm của người thầy thuốc, cái đạo làm người, cái phận làm bề tôi. “Nếu mình làm có kết quả ngay thì sẽ bị danh lợi ràng buộc, không làm sao về núi được (...). Nhưng rồi lại nghĩ: “Cha ông mình đời đời yêu nước, ta phải dốc hết lòng thành, để nối tiếp cái lòng trung của cha ông mình mới được”. Có thể thấy Lê Hữu Trác là người không màng công danh, không ham bổng lộc. Ngược lại ông còn đấu tranh với chính mình để thoát khỏi sự ràng buộc ấy, để được sống tự do cùng núi non để tâm hồn thanh thản. Mặt khác ông cũng là người thầy thuốc có tâm huyết và giàu đức độ. Vì thế mà ông đã kê cho thế tử “phương thuốc hòa hoãn nếu không trúng thì cũng không sai bao nhiêu”, vì lương tâm không cho phép. Nếu làm sai thì sẽ phải phỉ báng cái nghề y của mình, sẽ có lỗi với lòng mình; nếu làm đúng và tốt thì sẽ bị danh lợi ràng buộc. Dù thế nào cũng phải giữ được cho tâm hồn trong sạch, giữ cho nhân cách được trọn vẹn. Cách lí giải về bệnh tình của Trịnh Cán cũng như diễn biến suy nghĩ, tâm trạng của ông khi kê đơn cho thấy Lê Hữu Trác là người thầy thuốc có lương tâm.
Như vậy, từ cách nhìn của Lê Hữu Trác đối với đời sống nơi phủ chúa, đến sự suy nghĩ cân nhắc khi kê đơn cho thế tử đều cho thấy ông là người có tâm huyết với nghề và có nhân cách, giàu đức độ, coi thường công danh, bình thường danh lợi và một chút đau xót trước cảnh sống xa hoa, quyền quý của chúa Trịnh.