Bộ máy quan lại thời Trần được tổ chức theo chế độ quân chủ trung ương tập quyền.
- Đứng đầu nhà nước là vua, thời Trần thực hiện chế độ Thái thượng hoàng (lưỡng đầu chế). Các vua thường nhường ngôi sớm cho con và tự xưng là Thái thượng hoàng, cùng với vua (con) quản lí đất nước.
- Ở trung ương:
+ Các chức quan đại thần như: quan văn, quan võ phần lớn do người họ Trần nắm giữ.
+ Nhà Trần đặt thêm một số cơ quan như Quốc sử viện (đảm nhiệm việc viết sử), Thái y viện (coi việc chữa bệnh trong cung), Tôn nhân phủ (nắm sự vụ của họ hàng tôn thất) và một số chức quan như Hà đê sứ, Khuyến nông sứ, Đồn điền sứ,…
- Ở địa phương:
+ Cả nước được chia thành 12 lộ. Đứng đầu lộ là các chức chánh, phó An phủ sứ.
+ Dưới lộ là phủ, do chức tri phủ cai quản.
+ Châu, huyện do các chức tri châu, tri huyện trông coi.
+ Dưới cùng là xã, do xã quan đứng đầu.