Phần lớn động vật bò sát sinh sản hữu tính. Gần như tất cả các bò sát đực, ngoại trừ rùa, có một ống kép giống như cơ quan sinh dục gọi là bán dương vật (hemipenes). Các loài rùa đực có một dương vật. Tất cả các loài rùa đều đẻ trứng, không giống như một số loài thằn lằn và rắn có khả năng sinh ra con non. Hoạt động sinh sản diễn ra thông qua một lỗ huyệt (cloaca), lối ra/vào duy nhất ở gốc đuôi, tại đó sự bài tiết chất thải cũng như sinh sản diễn ra.

Sinh sản vô tính đã được ghi nhận ở một số họ thuộc bộ Squamata như 6 họ thằn lằn và 1 họ rắn. Trong một số loài bò sát thuộc bộ này thì các bò sát cái có khả năng sinh ra bản sao lưỡng bội đơn tính từ con mẹ. Sự sinh sản vô tính diễn ra ở một số loài thạch sùng và tắc kè (họ Gekkonidae), và hoạt động này là khá phổ biến ở thằn lằn tegu (họ Teiidae, đặc biệt là chi Aspidocelis) và thằn lằn chính thức (họ Lacertidae, chi Lacerta). Sinh sản vô tính cũng được cho là có ở tắc kè hoa (họ Chamaeleonidae), kỳ nhông (họ Agamidae), thằn lằn đêm (họ Xantusiidae) và rắn giun (họ Typhlopidae).

Trứng có màng ối được bao phủ bằng lớp vỏ chứa canxi hay vỏ da. Các màng ối, màng đệm và niệu nang đều có trong thời kỳ sự sống ở dạng phôi thai. Không có giai đoạn ấu trùng trong quá trình phát triển.