Về cấu tạo trong, giun sán kí sinh có các cấu tạo thích nghi sau :
- Hệ tiêu hoá tăng cường : ruột phân nhánh chằng chịt (như sán lá gan) hoặc tiêu giảm hẳn, để vỏ cơ thể thay thế thẩm thấu chất dinh dưỡng (như sán dây), hay ống tiêu hoá phân hoá đủ ruột sau và hậu môn (như giun đũa, giun kim...).
- Hệ sinh dục phát triển. Cơ quan sinh dục lưỡng tính và phát triển ở sán lá gan hay mỗi đốt thân có một cơ quan sinh dục lưỡng tính như ở sán dây.
Ở giun đũa, tuy phân tính nhưng cơ quan sinh dục dạng ống của chúng đều dài hơn cơ thể gấp nhiều lần. Giun sán, đều đẻ nhiều lứa, nhiều trứng. Một số giun sán có vòng đời phát triển qua nhiều giai đoạn ấu trùng, có kèm theo thay đổi vật chủ.
- Hệ thần kinh : duy trì đặc điểm cấu tạo chung nhưng do điều kiện kí sinh nên phát triển rất kém.