Ngày 2/8/1884, Ưng Lịch lên ngôi lấy niên hiệu Hàm Nghi. Việc lên ngôi tuy được che đậy dưới danh nghĩa là có di chiếu của vua Kiến Phúc, nhưng thực chất là xuất phát từ chủ trương của phái chủ chiến, đứng đầu là Phụ chính đại thần, kiêm Thương thư bộ Binh Tôn Thất Thuyết. Hành động đó vấp phải sự phản ứng quyết liệt của ngườ Pháp và cũng không tránh khỏi sự đả kích của các phần tử thân Pháp trong nội bộ Hoàng tộc. Nhưng trước sự cứng rắn của phái chủ chiến, phía Pháp buộc phải chấp nhận.
Dựa vào thắng lợi đạt được qua việc giữ vững ngôi vị của vua Hàm Nghi, Tôn Thất Thuyết và phái chủ chiến một mặt đẩy mạnh công tác chuẩn bị lực lượng quân sự, trấn áp những phần tử thân Pháp trong triều đình, kích động tinh thần chống Pháp, mặt khác lại ra sức đấu tranh với Pháp để đòi hỏi chủ quyền của triều đình, tìm cách trì hoãn việc thi hành Hiệp định Patenôtre.

Mâu thuẫn giữa phái chủ chiến và phía Pháp không ngừng căng thẳng, chính phủ Pháp quyết định cử Trung tướng Ruossel de Cuorcy sang Việt Nam với những quyền hành hết sức rộng rãi để đối phó với thái độ cứng rắn của triều đình vua Hàm Nghi. Tôn Thất Thuyết và những người cộng sự của ông trong triều đình cũng ý thức được cuộc đối đầu với Pháp sắp sửa bùng nổ.