Đậu đỗ: Đã có 9 giống lạc mới, 12 giống đậu tương mới được công nhận, trong đó nổi bật nhất là các giống lạc năng suất cao, góp phần đưa năng suất lạc tăng toàn quốc từ 12,8 tạ/ha (1999) lên 21,0 tạ/ha hiện nay. Một số giống có thể đạt năng suất trên 50 tạ/ha trên diện rộng.

Riêng diện tích 2 giống lạc L18 và L23 hàng năm chiếm khoảng 40.000ha, chiếm 15% diện tích lạc cả nước, năng suất tăng 5 - 10 tạ/ha, làm lợi khoảng 330 tỷ đồng/năm. Diện tích giống đậu tương mới khoảng 22.000 ha/năm, chiếm 11,5% diện tích cả nước, năng suất tăng 200 kg/ha, làm lợi khoảng 52 tỷ đồng/năm.

 Giống cà phê: Các dòng cà phê vối mới được chọn tạo (TR4, TR5, TR6, TR7, TR8,TR9, TR10, TR11, TR12, TR13) năng suất bình quân 4 - 6 tấn nhân/ha, khối lượng 100 nhân 17 - 19g, kháng cao với bệnh gỉ sắt. So với giống thực sinh năng suất cà phê cao hơn từ 0,5 đến 1 tấn nhân/ha.

Viện đã cung cấp cho sản xuất hàng triệu cây giống ghép chất lượng cao, đồng thời ghép cải tạo thay giống trên 40 ngàn ha cho những diện tích cà phê vối kém hiệu quả. Quy trình tái canh cây cà phê đang được triển khai trên diện rộng tại các vùng trồng cà phê vối chủ lực.

Giống sắn: Có thể nói giống sắn của Viện đã có những tiến bộ vượt bậc. Giống mới chủ lực như KM94, KM140, KM98-7 phủ gần như toàn bộ diện tích sắn cả nước với năng suất tăng 100% trong 10 năm qua, đưa năng suất sắn trung bình đạt gần 18 tấn/ha.

• Giống rau: Đã tạo được giống cà chua lai FM20, FM29, Lai số 9 năng suất đạt 45 - 50 tấn/ha; giống dưa chuột lai CV5, CV11, CV29 và CV209 có khả năng trồng được nhiều vụ trong năm với năng suất trung bình đạt 40 - 55 tấn/ha; 2 giống ớt cay lai HB9, HB14 có thời gian sinh trưởng ngắn, năng suất trung bình đạt 30 - 35 tấn/ha, cao hơn các giống phổ biến 10 - 15%.

Nấm ăn và nấm dược liệu: Trong vòng 16 năm (1996 - 2012) đã khôi phục và phát triển nghề trồng nấm với tốc độ tăng trưởng nhanh chóng, từ sản lượng năm 50 tấn năm 1995 lên 270.000 tấn năm 2010. Đồng thời, Viện đã nhập nội được 120 chủng giống nấm khác nhau để đưa vào sản xuất đại trà 16 chủng giống nấm, trong đó, 3 chủng giống nấm được công nhận chính thức, 7 giống công nhận tạm thời và 11 quy trình công nghệ được công nhận là tiến bộ kỹ thuật. Nhiều giống nấm chất lượng cao như nấm Trân châu, Ngọc trâm, Chân dài hay nấm Linh chi đã trở nên phổ biến trong sản xuất.

Ngoài ra, nhiều giống cây trồng mới cũng đang được phổ biến như điều, ca cao, chuối tiêu hồng, chanh leo, cao su chịu lạnh.