Phan Bội Châu vốn tên là Phan Văn San (潘文珊). Vì San trùng với tên húy vua Duy Tân (Vĩnh San) nên phải đổi thành Phan Bội Châu. Hai chữ "Bội Châu" (佩珠) trong tên của ông lấy từ câu: "城中蛾眉女珠佩何珊珊 [Thành trung nga mi nữ châu bội hà san san]."

Ông có hiệu là Hải Thụ, về sau đổi là Sào Nam. Tên gọi Sào Nam (巢南) được lấy từ câu "越鳥巢南枝 [Việt điểu sào nam chi nghĩa là Chim Việt làm tổ cành Nam]." Phan Bội Châu còn có nhiều biệt hiệu và bút danh khác như Thị Hán (是漢), Phan Giải San, Sào Nam Tử, Hạo Sinh, Hiếu Hán vân vân.