Trùng roi sinh sản vào khoảng cuối xuân, đầu mùa hạ, thường là sinh sản vô tính rất nhanh. Khi sinh sản, nhân phía sau cơ thể phân đôi trước, sau đó chất nguyên sinh và các bào quan lần lượt phân chia. Cuối cùng, cá thể phân đôi theo chiếu dọc cơ thể tạo thành 2 trùng roi mới. Gọi tắt là sinh sản vô tính theo cách phân đôi theo chiều dọc cơ thể.