Nếu có một giống cà chua có gen A quy định tính trạng không mong muốn (dễ mắc bệnh X), ta có thể dùng phương pháp gây đột biến bằng tia phóng xạ hoặc hóa chất.

Ví dụ, xử lí hạt giống bằng tia phóng xạ hoặc ngâm hóa chất để gây đột biến rồi sau đó gieo hạt lên thành cây và cho các cây con nhiễm tác nhân gây bệnh. Sau đó chọn lọc ra các cây có khả năng kháng bệnh. Những cây có khả năng kháng bệnh cho lai với nhau hoặc cho tự thụ phấn để tạo ra dòng thuần.