Sông Thu Bồn bắt nguồn từ vô số những con suối nhỏ róc rách chảy xuống từ ngọn núi Ngọc Linh ở chỗ giáp giới hai tỉnh Quảng Nam- Kon Tum (thuộc huyện Duy Xuyên). Sông Thu Bồn như một dòng mạch tràn đầy sinh lực của mảnh đất Quảng Nam- Đà Nẵng, len lỏi qua những vùng núi non hiểm trở mạn tây Quảng Nam rồi đổ xuống các cánh đồng phì nhiêu. Sông bắt nguồn từ đỉnh núi Ngọc Linh cao 2598 mét, cao  như núi., ban đầu Thu Bồn chỉ là dòng sông nhỏ âm thầm chảy qua các ghềnh đá cheo leo trên vùng núi phía Tây Nam của tỉnh Quảng Nam. Nhờ tăng thêm lưu lượng từ sông Tiên, sông Tranh trên địa hạt Trà My và Tiên Phước, sông Thu Bồn vượt qua bao đồi núi đưa phù sa bồi đắp cho vùng Quế Sơn, Đại Lộc, Duy Xuyên. Tại đây, Thu Bồn hội ngộ cùng sông Vu Gia, trải phù sa ra khắp vùng đất Điện Bàn theo hai hướng: hướng Bắc vẫn là hướng chính với tên Thu Bồn (có nơi còn gọi là sông Chợ Củi, hướng Nam nhánh nhỏ hơn là sông Bà Rén. Gần đến biển, Thu Bồn và Bà Rén gặp lại nhau để hoà với dòng Trường Giang chảy qua phố cổ Hội An rồi đổ ra biển Cửa Đại.