Nhật Bản là một đảo quốc bao gồm một quần đảo địa tầng trải dọc tây Thái Bình Dương ở Đông Bắc Á, với các đảo chính bao gồm Honshu, Kyushu, Shikoku và Hokkaido. Các đảo Nhật Bản là một phần của dải núi ngầm trải dài từ Đông Nam Á tới Alaska. Nhật Bản có bờ biển dài 37.000 km, có đá lớn và nhiều vịnh nhỏ nhưng rất tốt và đẹp. Đồi núi chiếm 72% diện tích tự nhiên cả nước, trong đó không ít núi là núi lửa, có một số đỉnh núi cao trên 3000 mét, hơn 532 ngọn núi cao hơn 2000 mét. Ngọn núi cao nhất là núi Phú Sĩ (Fujisan 富士山) cao 3776 mét. Giữa các núi là các cao nguyên và bồn địa. Nhật Bản có nhiều thác nước, suối, sông và hồ. Đặc biệt, ở Nhật Bản có rất nhiều suối nước nóng, là nơi hàng triệu người Nhật thường tới để nghỉ ngơi và chữa bệnh.

Vì nằm ở tiếp xúc của một số mảng kiến tạo, nên Nhật Bản hay có động đất gây nhiều thiệt hại. Động đất ngoài khơi đôi khi gây ra những cơn sóng thần. Vùng Hokkaido và các cao nguyên có khí hậu á hàn đới, các quần đảo ở phương Nam có khí hậu cận nhiệt đới, các nơi khác có khí hậu ôn đới. Mùa đông, áp cao lục địa từ Siberi thổi tới khiến cho nhiệt độ không khí xuống thấp; vùng Thái Bình Dương có hiện tượng foehn- gió khô và mạnh. Mùa hè, đôi khi nhiệt độ lên đến trên 30 độ C, các khu vực đô thị có thể lên đến gần 40độ C. Không khí mùa hè ở các bồn địa nóng và ẩm. Vùng ven Thái Bình Dương hàng năm chịu một số cơn bão lớn.