Tuy nhiên, điểm khác nhau cơ bản giữa tố cáo và khiếu nại là:

Về chủ thể: Chủ thể thực hiện quyền tố cáo theo quy định trong Luật Tố cáo chỉ là công dân. Như vậy, khác với khiếu nại, chủ thể khiếu nại là công dân, cơ quan, tổ chức đều có quyền khiếu nại. Việc thực hiện quyền tố cáo chỉ quy định cho đối tượng là cá nhân nhằm cá thể hóa trách nhiệm của người tố cáo, nếu có hành vi cố ý tố cáo sai sự thật thì tùy theo tính chất, mức độ của hành vi vi phạm mà bị xử lý theo quy định của pháp luật.

Về đối tượng: đối tượng bị khiếu nại gồm quyết định hành chính, hành vi hành chính của các cơ quan hành chính nhà nước hoặc quyết định kỷ luật cán bộ, công chức, còn đối tượng của tố cáo rộng hơn, bao gồm mọi hành vi vi phạm pháp luật của bất cứ cơ quan, tổ chức, cá nhân nào gây thiệt hại hoặc đe dọa gây thiệt hại lợi ích của Nhà nước, quyền và lợi ích hợp pháp của công dân, cơ quan, tổ chức. Bao gồm, hành vi vi phạm pháp luật của cán bộ, công chức, viên chức trong thực hiện nhiệm vụ, công vụ và hành vi vi phạm pháp luật về quản lý nhà nước trong các lĩnh vực.

Về mục đích: về cơ bản, mục đích của tố cáo là bảo vệ lợi ích của nhà nước, quyền, lợi ích hợp pháp của công dân, cơ quan, tổ chức, trong khi đó khiếu nại nhằm bảo vệ hoặc khôi phục quyền, lợi ích hợp pháp của người khiếu nại. Tuy nhiên, cũng có một số trường hợp nhằm bảo vệ quyền lợi của chính bản thân người tố cáo.

Nói tóm lại, khiếu nại, tố cáo của công dân và giải quyết khiếu nại, tố cáo trong quản lý Nhà nước là một lĩnh vực hoạt động nhạy cảm, liên quan trực tiếp tới quyền và lợi ích của công dân, không những thế còn tác động và giúp cho việc thực hiện pháp luật đựơc nghiêm chỉnh. Phân biệt khiếu nại, tố cáo một cách chuẩn xác là một trong những việc làm cần thiết quan trọng để góp phần khắc phục tình trạng đơn thư khiếu nại, tố cáo bức xúc như hiện nay