Năm 1906, Phan Châu Trinh ra Bắc, liên lạc với Lương Văn Can và các thân sĩ Bắc Hà để lập cơ sở Duy tân ở Bắc (sau đó gần một năm, trường Đông Kinh Nghĩa Thục được thành lập). Ông cũng tìm gặp Đề Thám, sang Quảng Châu gặp Phan Bội Châu rồi cùng sang Nhật quan sát tình hình chính trị và dân trí nước Nhật, khi bàn luận và biết là không cùng chí hướng với Phan Bội Châu, ông về nước, xúc tiến con đường Duy Tân.