Năm 1906, Phan Châu Trinh ra Bắc, liên lạc với Lương Văn Can và các thân sĩ Bắc Hà để lập cơ sở Duy tân ở Bắc (sau đó gần một năm, trường Đông Kinh Nghĩa Thục được thành lập). Ông cũng tìm gặp Đề Thám, sang Quảng Châu gặp Phan Bội Châu rồi cùng sang Nhật quan sát tình hình chính trị và dân trí nước Nhật, khi bàn luận và biết là không cùng chí hướng với Phan Bội Châu, ông về nước, xúc tiến con đường Duy Tân.
Mùa hè năm 1906, Phan Châu Trinh về nước. Việc làm đầu tiên là gửi một bức thư chữ Hán cho toàn quyền Jean Beau vạch trần chế độ phong kiến thối nát, yêu cầu nhà cầm quyền Pháp phải thay đổi thái độ đối với sĩ dân nước Việt và sửa đổi chính sách cai trị để giúp nhân dân Việt từng bước tiến lên văn minh.
Liền theo đó, với phương châm "tự lực khai hóa" và tư tưởng dân quyền, Phan Châu Trinh cùng Huỳnh Thúc Kháng, Trần Quý Cáp đi khắp tỉnh Quảng Nam và các tỉnh lân cận để vận động cuộc duy tân. Khẩu hiệu của phong trào lúc bấy giờ là: Khai dân trí, chấn dân khí, hậu dân sinh.
Khai dân trí:
Là bỏ lối học tầm chương trích cú, mở trường dạy chữ Quốc ngữ, kiến thức khoa học thực dụng, bài trừ hủ tục và thói xa hoa...
Chấn dân khí:
Làm cho mọi người thức tỉnh tinh thần tự cường, hiểu được quyền lợi của mình, dám tố cáo sự hà hiếp bóc lột của quan lại và sự nhũng lạm của cường hào...
Hậu dân sinh:
Khuyến khích dân học nghề nghiệp, khai hoang làm vườn, lập hội buôn và sản xuất hàng nội hóa...[8]
Ngoài ra, Phan Châu Trinh còn viết bài Tỉnh quốc hồn ca để kêu gọi mọi người hăng hái duy tân theo hướng dân chủ tư sản[9].
Tuy nhiên, trong quá trình phát triển đã bộc lộ hai khuynh hướng. Một số sĩ phu như Phan Châu Trinh, Huỳnh Thúc Kháng chủ trương cải cách ôn hòa, nghị viện. Họ vận động mở trường dạy học, cải đổi phong tục tập quán và lối sống, khuyến khích mở mang công thương. Một số khác như Lê Văn Huân, Nguyễn Đình Kiên thì thiên về khuynh hướng bạo động...