Tự do tôn giáo là một trong những vấn đề được thảo luận nhiều nhất trong lịch sử phát triển các quyền và tự do cơ bản của con người. Đây cũng là quyền được ghi nhận từ rất sớm trong các văn kiện luật nhân quyền quốc gia và quốc tế. Ở cấp độ quốc gia, có thể kể đến Luật của Rhode Island 1647 và Hiệp ước Hòa bình Augsburg 1555 với những quy định liên quan đến “quyền được thừa hưởng về tự do tôn giáo” (the inherent right to freedom of religion). Ở cấp độ quốc tế, quyền này được khẳng định ngay trong văn kiện quốc tế đầu tiên về nhân quyền là Tuyên ngôn Thế giới về nhân quyền năm 1948 (UDHR).
Về mặt triết học, tự do tư tưởng, niềm tin lương tâm, tôn giáo, tín ngưỡng (cùng với tự do chính kiến, tự do biểu đạt, tự do báo chí, tự do thông tin, tự do lập hội, tự do hội họp, tự do thành lập và tham gia công đoàn) là những giá trị xuất phát từ chủ nghĩa duy lý trong Thời kỳ Khai sáng, cho rằng sự tồn tại của cá nhân về mặt tinh thần đòi hỏi sự bảo vệ đặc biệt của nhà nước, bao gồm niềm tin vào những giá trị tinh thần đó, quyền giao tiếp về những chủ đề tinh thần với người khác, quyền tự do bảo vệ những niềm tin và giá trị đó dưới hình thức cá nhân hay tập thể, và quyền tự do hành động theo những niềm tin và giá trị tinh thần đó chừng nào còn không vi phạm đến các quyền của những người khác[1].