Vì ngoài ưu điểm không gây ô nhiễm môi trường thì bp đấu tranh sinh học còn có những hạn chế:
- Thiên địch ko tiêu diệt triệt để đc sinh vật gây hại mà chỉ kìm hãm sự phát triển của chúng
- Sự tiêu diệt các sinh vật có hại lại tạo điều kiện cho sinh vật khác phát triển
- Một  số loài thiên địch vừa có ích, vừa có hại: chim sẻ,...