- Vi khuẩn có vai trò trong thiên nhiên và trong đời sống con người: chúng phân hủy các hợp chất hữu cơ thành các chất vô cơ để cây sử dụng, do đó bảo đảm được nguồn vật chất trong tự nhiên ; vi khuẩn góp phần hình thành than đá , dầu lửa.

- Nhiều vi khuẩn có ích được ứng dụng trong công và nông nghiệp.

- Bên cạnh đó cũng có nhiều vi khuẩn có hại : gây bệnh cho người, vật nuôi, cây trồng và gây hiện tượng thối rữa làm hỏng thức ăn, ô nhiễm môi trường.