Một là, nhận thức về vai trò, vị trí của biển và kinh tế biển của các cấp, các ngành, các địa phương ven biển và người dân còn chưa đầy đủ; quy mô kinh tế biển còn nhỏ bé, chưa tương xứng với tiềm năng; cơ cấu ngành nghề chưa hợp lý; chưa chuẩn bị điều kiện để vươn ra vùng biển quốc tế. Đầu tư xây dựng các khu kinh tế ven biển còn tràn lan, thiếu trọng tâm trọng điểm.

Hai là, cơ sở hạ tầng các vùng biển, ven biển và hải đảo còn yếu kém, lạc hậu, manh mún, thiết bị chưa đồng bộ nên hiệu quả sử dụng thấp như các cảng biển,...; thiếu hệ thống đường bộ cao tốc chạy dọc ven biển để nối liền các thành phố, khu kinh tế, khu công nghiệp, sân bay ven biển nhỏ bé thành một hệ thống kinh tế biển liên hoàn.

Ba là, hệ thống các cơ sở nghiên cứu khoa học - công nghệ biển đào tạo nguồn nhân lực cho kinh tế biển; các cơ sở quan trắc, dự báo, cảnh báo biển, thiên tai biển, các trung tâm tìm kiếm cứu hộ, cứu nạn,... ở ven biển còn nhỏ bé, trang bị thô sơ. Các phương thức quản lý biển mới, tiên tiến còn chậm được nghiên cứu áp dụng như: quản lý không gian biển (marine spatial management), quy hoạch sử dụng biển (sea-use planning) bao gồm hải đảo và vùng ven biển giống như quy hoạch sử dụng đất (land-use planning) áp dụng trên đất liền. Đặc biệt còn ít chú ý nghiên cứu công nghệ biển tiên tiến.

Bốn là, tình hình khai thác, sử dụng biển và hải đảo chưa hiệu quả, thiếu bền vững do khai thác tự phát, thiếu/không tuân thủ quy hoạch biển, đảo, làm nảy sinh nhiều mâu thuẫn lợi ích (benefit conflict) trong sử dụng đa ngành ở vùng ven biển, biển và hải đảo. Phương thức khai thác biển chủ yếu vẫn dưới hình thức sản xuất và đầu tư nhỏ, sử dụng công nghệ lạc hậu. Còn nghiêng về ưu tiên khai thác tài nguyên biển ở dạng vật chất, không tái tạo, các giá trị chức năng, phi vật chất và có khả năng tái tạo của các hệ thống tài nguyên biển còn ít được chú trọng, như: giá trị vị thế của các mảng không gian biển, ven biển và hải đảo; giá trị dịch vụ của các hệ sinh thái; thậm chí các giá trị văn hóa biển. Cách tiếp cận "nóng" trong khai thác tài nguyên biển đang là hiện tượng phổ biến ở các lĩnh vực kinh tế biển: chú trọng nhiều đến sản lượng, số lượng, ít chú ý đến chất lượng và lợi ích lâu dài của các dạng tài nguyên.