Độ bóng của ngọc trai phụ thuộc vào độ phản xạ và độ khúc xạ ánh sáng từ những lớp trong mờ và độ đẹp của hạt ngọc tỷ lệ thuận với độ dày và nhiều của lớp trong mờ này. Sự phát tán ngũ sắc mà một số loại ngọc tạo ra là do sự chồng lấn lên nhau của các lớp liên tục nhau làm tán xạ ánh sáng chiếu vào bề mặt. Ngọc trai thường có màu trắng, đôi khi có màu kem hoặc phớt hồng và có thể nhuốm màu vàng, xanh lá cây, nâu, tím hoặc đen.