Nhiều người dân Nam Bộ yêu kính và trìu mến gọi ông là "Thi tướng Huỳnh Văn Nghệ".

Tên tuổi ông được ghi trong sách Trí thức Sài Gòn - Gia Định, được đưa vào Từ điển danh nhân Việt Nam, Từ điển thành phố Sài Gòn - Hồ Chí Minh, được đặt tên cho trường học ở Tân Uyên, nơi vùng đất chiến khu Đ năm xưa và một số đường phố ở Bình Dương, Biên Hòa, TP HCM.

Huỳnh Văn Nghệ sinh ra và lớn lên ở một vùng quê nghèo nhưng giàu truyền thống chống giặc ngoại xâm. Cha ông là thầy dạy võ can trường, tuy bị quan lại ngăn cấm nhưng vẫn bí mật dạy võ cho thanh niên, bảo vệ người nghèo, chống áp bức bất công.

Là người thông minh học giỏi nên Huỳnh Văn Nghệ được nhận học bổng tại Trường trung học Petrus Ký Sài Gòn (nay là Trường THPT Lê Hồng Phong) và sớm giác ngộ, tham gia các hoạt động cách mạng.

Từ năm 1932, ông luôn tìm cách giúp đỡ, bênh vực người nghèo, chống giặc Pháp xâm lược và bọn tay sai. Huỳnh Văn Nghệ tích cực tìm đến với cách mạng và đã được tuyên truyền về Đảng Cộng sản Đông Dương, rồi giác ngộ và tham gia vào các hoạt động do Đảng lãnh đạo.

Những năm 1936-1939, ông tham gia phong trào Đông Dương đại hội ở Sở Xe lửa Sài Gòn. Năm 1940, tham gia khởi nghĩa Nam Kỳ. Cuộc khởi nghĩa thất bại, giặc Pháp điên cuồng đàn áp những người cộng sản, một số phải rút về rừng Tân Uyên hoạt động, ông lo việc tiếp tế đạn dược, thuốc men cho số đồng chí này.

Năm 1942, bị lộ, ông phải trốn sang Thái Lan và hoạt động trong phong trào Việt kiều yêu nước. Tại đây, ông tổ chức xuất bản tờ báo Hồn cố hương, kêu gọi kiều bào hướng về Tổ quốc, ủng hộ cách mạng.

Năm 1944, Huỳnh Văn Nghệ về nước, bắt liên lạc với cách mạng và được đồng chí Trần Văn Giàu, Bí thư Xứ ủy Nam Kỳ phân công lập căn cứ Đất Cuốc tại Tân Uyên, Biên Hòa, được kết nạp Đảng, lập Đoàn Cựu binh sĩ và tham gia Tổng khởi nghĩa Tháng Tám 1945, trực tiếp tham gia chỉ huy cướp chính quyền ở Biên Hòa. Tự tay ông đã bắt tên cò Phước, tỉnh trưởng Quý, tòa Nhan ở Biên Hòa, giải phóng tù chính trị bị chính quyền Nhật giam giữ.

Tại hội nghị Chợ Đệm, Ủy ban nhân dân Nam Bộ bổ nhiệm Huỳnh Văn Nghệ làm cố vấn Ủy ban kháng chiến miền Đông. Mặc dù Ủy ban này đã rút lui trước về Biên Hòa, Xuân Lộc cùng với nhiều đơn vị như Đệ nhị sư đoàn, Cộng hòa vệ binh, bộ đội Nam Long, nhưng khi giặc Pháp lấn chiếm ra các vùng ngoại vi Sài Gòn - Gia Định, ông đã ở lại tham gia chiến đấu tại các mặt trận Sài Gòn - Chợ Lớn, Thị Nghè, đường số 1 (từ Sài Gòn đi Biên Hòa), Băng Ky, Bình Lợi, Thủ Đức... chặn bước tiến của giặc về miền Đông Nam Bộ. Sau đó, ông tổ chức đốt Tòa bố, Sở cò, Bưu điện Biên Hòa, thu 23 khẩu súng trường, đem về Tân Uyên xây dựng lực lượng.

Tại đây, Huỳnh Văn Nghệ tổ chức xây dựng giải phóng quân Biên Hòa và trực tiếp làm chỉ huy trưởng. Căn cứ Tân Uyên được ông bố trí phòng ngự vững chắc, đã đảm nhiệm vai trò bảo đảm hậu cần cho lực lượng vũ trang của tỉnh và các tỉnh bạn theo lệnh của Khu trưởng Nguyễn Bình, đồng thời làm nhiệm vụ bảo vệ Khu bộ, tiếp liệu cho các công binh xưởng của Khu, tích cực tham gia xây dựng các cơ quan quân, dân, chính của tỉnh.

Dưới sự chỉ huy của Huỳnh Văn Nghệ, không bao lâu sau, Tân Uyên trở thành một trong những căn cứ kháng chiến vững mạnh nhất ở Nam Bộ.

Đầu năm 1946, quân Pháp liên tiếp mở các trận tiến công lớn vào chiến khu Tân Uyên - Lạc An (Chiến khu Đ). Ngày 2/1/1946, Huỳnh Văn Nghệ chỉ huy lực lượng chủ công tham gia trận phản công lớn đầu tiên của Nam Bộ do Khu tổ chức đánh vào thị xã Biên Hòa.

Sau khi tham gia trận Tân Uyên và chỉ huy mặt trận Tân Tịch - Lạc An (2/1946) giành thắng lợi, Huỳnh Văn Nghệ được Khu trưởng Nguyễn Bình chỉ định làm Chi đội trưởng Chi đội 10. Trên cương vị mới trong thời gian 1946-1947, ông đã chỉ huy các đơn vị chiến đấu bảo vệ nhân dân, bảo vệ Khu bộ, các công binh xưởng, phát động chiến tranh du kích, địch vận... góp phần tiêu hao sinh lực địch, mở đầu cho phong trào giao thông chiến ở Nam Bộ, phổ biến kỹ thuật đánh địa lôi điện.

Tháng 3/1948, Huỳnh Văn Nghệ nhận nhiệm vụ Khu bộ phó Khu 7, kiêm Trung đoàn trưởng Trung đoàn 310.

Ngày 1/3/1948, với cương vị chỉ huy trưởng, ông tham gia trận La Ngà - trận giao thông chiến lớn nhất ở Nam Bộ kể từ ngày giặc Pháp tái chiếm nước ta. Sau trận này, Trung đoàn 310 được Bác Hồ khen thưởng Huân chương Chiến công hạng 2, Trung đoàn trưởng Huỳnh Văn Nghệ được Bác Hồ tặng thưởng một chiếc áo trấn thủ.

Tháng 7/1948, thi hành lệnh của Ủy ban Kháng chiến hành chính Nam Bộ, trong hoàn cảnh hết sức nguy hiểm, Huỳnh Văn Nghệ một mình đến căn cứ Bình Xuyên, dùng lý lẽ và tình cảm thuyết phục được thủ lĩnh Bình Xuyên lúc bấy giờ là Lê Văn Viễn (Bảy Viễn) về dự hội nghị, giúp Xứ ủy và Ủy ban Kháng chiến hành chính Nam Bộ giải quyết được “vấn đề Bình Xuyên”, rất gay go lúc bấy giờ.

Cùng thời gian này, ông được bổ nhiệm làm Khu trưởng Khu 7. Trên cương vị mới, ông đã có nhiều đóng góp quan trọng trong việc xây dựng căn cứ mới của Khu, thành lập bộ đội chủ lực Khu 7 (Bộ đội 303). Đặc biệt, ông nghiên cứu, tìm ra cách đánh tháp canh, giải quyết được sự bế tắc về chiến thuật ở Khu 7 lúc bấy giờ.

Năm 1950, sau khi sáp nhập Sài Gòn - Chợ Lớn vào Khu 7, ông giữ chức Phó tư lệnh Khu 7. Năm 1951, khi hai tỉnh Thủ Dầu Một - Biên Hòa sáp nhập, ông là Ủy viên Thường vụ Tỉnh ủy, kiêm Tỉnh đội trưởng Thủ Biên, chỉ huy nhiều trận đánh lớn bảo vệ Bộ Tư lệnh Nam Bộ đóng ở Chiến khu Đ. Năm 1952, trong trận lụt “thế kỷ”, ông xông pha chỉ huy chống lụt ở Thủ Biên, bảo vệ được bộ đội và dân.

Sau thảm họa thiên tai đó, lợi dụng tình thế khó khăn của quân dân ta, địch huy động 11 tiểu đoàn tiến công vào Chiến khu Đ. Lực lượng của tỉnh chỉ có một tiểu đoàn nhưng dưới sự chỉ huy tài tình của Huỳnh Văn Nghệ đã anh dũng chiến đấu suốt 52 ngày đêm, tiêu diệt gần một tiểu đoàn địch, phá tan âm mưu của chúng gom dân và tiêu diệt lực lượng ta.

Tháng 5-1953, ông được cử ra miền Bắc học và ở lại công tác gần 12 năm, trải qua các chức vụ: Trưởng phòng Thể dục thể thao, Cục phó Cục Quân huấn, Bộ Tổng tham mưu, Tổng cục phó Tổng cục Lâm nghiệp.