Hiến pháp năm 1946 dành nhiều quyền hạn cho ban thường vụ Quốc hội. Ban thường vụ có thể thay mặt Quốc hội, kết hợp với Chính phủ thực thi và đưa ra các quyết định quan trọng như tuyên bố chiến tranh hay đình chiến. Điều này hoàn toàn sai về nguyên tắc, vì khi Quốc hội không họp, không có bất cứ tổ chức hay cơ quan nào có quyền quyết định thay cho Quốc hội. Trừ khi nhân dân có thể quyết định thay, thông qua quyền phúc quyết được Hiến pháp công nhận. Quốc hội là cơ quan dân biểu, nên mọi quyết định lớn nhỏ thuộc thầm quyền, phải được các đại biểu thảo luận và bàn bạc. Các đại biểu phải có mặt đông đủ, nếu số lượng vắng mặt quá mức quy định, mọi dự thảo luật được thông qua đều không có giá trị. Trong những trường hợp khẩn cấp, như nguy cơ chiến tranh, thiên tai định họa, hoặc cần phải đưa ra những quyết định quan trọng thông qua các đạo luật. Quốc hội cần được triệu tập khẩn cấp nếu không phải giai đoạn họp theo định kỳ.

Vấn đề kiêm nhiệm của các đại biểu Quốc hội cũng không được nêu cụ thể, Hiến pháp chỉ quy định các đại biểu là thành viên Chính phủ, sẽ không giữ vai trò nghị sĩ trong Quốc hội. Còn các đại biểu đồng thời là các cán bộ viên chức ở các cơ quan hành chính khác vẫn được phép kiêm nhiệm nhiều chức vụ. Do đó tính chuyên nghiệp của Quốc hội và hiệu quả công việc của các đại biểu sẽ không cao.

Vai trò của Phó chủ tịch nước được Hiến pháp quy định không rõ ràng. Mối liên hệ giữa Chủ tịch nước và Thủ tướng Chính phủ không được quy định cụ thể. Nhiệm kì của các đại biểu Quốc hội chỉ có 3 năm, trong khi nhiệm kì của Chủ tịch nước là 5 năm, như vậy nhiệm kì của Quốc hội và Chủ tịch nước được Hiến pháp quy định hoàn toàn không hợp lý. Cách sắp xếp tốt nhất là nên thống nhất nhiệm kì 5 năm của Quốc hội và Chủ tịch nước. Như vậy mỗi khóa mới, các nghị sĩ sẽ bầu ra Chủ tịch nước thay vì phải hợp tác với người đứng đầu cơ quan hành pháp được bầu ra từ khóa trước. Nhờ đó hợp tác giữa hai cơ quan hành pháp và lập pháp sẽ tốt hơn để hoàn thành những kế hoạch được đề ra. Chủ tịch nước và Chính phủ sẽ phải chịu sức ép nhiều hơn từ phía Quốc hội, điều này buộc cơ quan hành pháp không sao nhãng công việc của mình.

Hiến pháp năm 1946 không bàn đến việc thành lập Tòa bảo hiến, vai trò và cách thức hoạt động của Tòa án đặc biệt này, cũng không hề nêu ra cơ chế kiểm soát các đạo luật vi hiến. Vì vậy, các đạo luật sai trái do Quốc hội thông qua (điều này hoàn toàn có thể diễn ra thường xuyên trong thực tế), được Chính phủ thi hành, thông qua các nghị định áp dụng luật. Nếu luật đã sai vì vi hiến, nghị định áp dụng cho dù đúng luật đó, cũng sai theo. Cả luật và nghị định đều sai cùng tồn tại, mà không có một cơ chế nào để hạn chế những vi phạm này. Đây là thiếu sót lớn nhất của Hiến pháp năm 1946 và cũng là thiếu sót của các bản Hiến pháp của nước Pháp trước năm 1958. Cơ chế bảo hiến hoàn toàn không được coi trọng trong vòng nhiều thập kỳ ở Pháp và khuyết điểm này lại được lặp lại trong Hiến pháp 1946. Điều này hoàn toàn có thể hiểu được vì tính thượng tôn của luật pháp (la nomophonie) được các nhà tư tưởng như  Sieyès, RobesPierre, Saint Jus khai thác triệt để. Luật pháp là cách biểu đạt chung, thể hiện tinh thần và nguyện vọng của nhân dân (la loi est l’expression de la volonté générale). Do đó các đạo luật được ban ra không thể sai được, thiết lập một cơ chế bảo hiến để xem xét và kiểm soát các đạo luật là không cần thiết. Vì điều này sẽ ảnh hưởng tiêu cực đến tinh thần và nguyện vọng chung. Cái nhìn chủ quan và duy ý chí đã tạo ra lỗ hổng luật pháp trong nhiều năm liền. Hiến pháp năm 1958 của Pháp đã khắc phục được điểm yếu này, khi vai trò của Hội đồng bảo hiến được quy định cụ thể. Việt Nam cũng không có cơ hội để sửa đổi và bổ sung khuyết điểm này của Hiến pháp năm 1946 do chiến tranh liên miên và bối cảnh lịch sử có nhiều biến động. Vì vậy Hiến pháp 1946 được ban ra, nhưng không được sửa đổi và bổ sung cho hoàn thiện như các bản Hiến pháp tiến bộ khác của Mỹ, Đức, Tây Ban Nha… Các bản Hiến pháp tiếp theo của Việt Nam, gồm cả Hiến pháp năm 1992 đều mắc khuyết điểm này. Điều này sẽ gây nhiều khó khăn trong việc xây dựng Nhà nước pháp quyền và bảo vệ các giá trị đích thực được Hiến pháp ghi nhận.

Nước Mỹ đã có cơ chế bảo hiến từ rất sớm. Tòa án tối cao Mỹ, trong một phán quyết mang tính lịch sử Marbury v. Madison năm 1803, đã khẳng định và đề cao vai trò bảo hiến, nhiệm vụ này được Tòa án tối cao Mỹ và tòa án các bang thực hiện nghiêm chỉnh từ hơn hai thế kỷ nay. Ở Châu Âu, Tòa bảo hiến xuất hiện lần đầu tiên năm 1920 tại Áo, do nhà luật học Hans Kelsen sáng lập, sau đó nhiều nước đã áp dụng theo mô hình này. Không phải riêng gì các bản Hiến pháp của chú bé tí hon Việt Nam mới có khuyết điểm, các bản Hiến pháp của những người khổng lồ về luật pháp cũng có sai sót.