Thời Lý được coi là thời cực thịnh của Phật giáo. Đạo Phật được coi là Quốc giáo. Minh chứng cho điều đó là rất nhiều chùa chiền được trùng tu, xây dựng từ thời này.

Lâu đời nhất của Thăng Long - Hà Nội và cũng là một trong những ngôi chùa cổ nhất của Việt Nam là chùa Trấn Quốc nằm trên một bán đảo ven Hồ Tây.

Vào thời vua Lý Nam Đế (544-548), chùa có tên là Khai Quốc, ở trên bãi Yên Hoa, bên bờ sông Hồng. Đến niên hiệu Đại Bảo, đời vua Lê Thái Tông, chùa được đổi tên thành An Quốc. Đến đời Lê Trung Hưng năm 1615, do bãi sông bị lở gần vào đến chùa, nhân dân phường Yên Hoa (sau này là Yên Phụ) mới dời chùa vào đảo Cá Vàng ở Hồ Tây, là địa điểm hiện nay của chùa.

Chùa được dựng trên nền cũ cung Thúy Hoa (thời nhà Lý) và điện Hàn Nguyên (thời nhà Trần). Sau đó, người ta cho đắp đê Cố Ngự (sau đọc chệch ra Cổ Ngư) và tạo đường nối từ đê với đảo Cá Vàng.

Chùa được trùng tu với quy mô lớn nhất là vào đời vua Lê Thần Tông năm 1639. Đến niên hiệu Chính Hòa (1680-1705) đời vua Lê Hy Tông, chùa đổi tên là Trấn Quốc. Đầu đời nhà Nguyễn (Năm 1821, vua Minh Mạng và năm 1842, vua Thiệu Trị) chùa lại được trùng tu, đúc chuông, đắp tượng.

Chùa Trấn Quốc có ba nếp nhà chính là tiền đường, nhà thiêu hương và thượng điện nối thành hình chữ Công (工). Hai bên nhà thiêu hương và thượng điện là hai dãy hành lang. Sau thượng điện là gác chuông. Bên phải là nhà tổ và bên trái là nhà bia.

Trong chùa hiện nay còn lưu giữ 14 tấm bia. Chùa còn có vườn tháp lớn với rất nhiều tháp. Ở khuôn viên chùa có cây bồ đề xum xuê cành lá là quà tặng của Tổng thống Ấn Độ khi ông đến thăm Hà Nội năm 1959. Kiến trúc và điêu khắc của chùa có dấu ấn vào khoảng đầu thế kỷ 19. Trong chùa có nhiều tượng đẹp, đặc biệt là có tượng Phật Thích Ca nhập Niết bàn bằng gỗ thếp vàng lộng lẫy.

Một ngôi chùa khác có kiến trúc độc đáo của đất Thăng Long, được xây dựng thời kỳ đầu nhà Lý và trở thành một biểu tượng của nước ta, đó là chùa Một Cột hay Chùa Mật còn có tên khác là Diên Hựu tự hoặc Liên Hoa Đài (đài hoa sen).

Theo Đại Việt sử ký toàn thư, Chùa Diên Hựu được vua Lý Thái Tông cho khởi công xây dựng vào mùa đông tháng mười (âm lịch) năm Kỷ Sửu 1049, niên hiệu Thiên Cảm Thánh Võ thứ nhất. Chùa Một Cột chỉ có một gian nằm trên một cột đá ở giữa hồ Linh Chiểu nhỏ có trồng hoa sen.

Truyền thuyết kể lại rằng, chùa được xây dựng theo giấc mơ của vua Lý Thái Tông (1028-1054) và theo gợi ý thiết kế của nhà sư Thiền Tuệ. Vào năm 1049, vua đã mơ thấy được Phật bà Quan Âm ngồi trên tòa sen dắt vua lên tòa. Khi tỉnh dậy, nhà vua kể lại chuyện đó với bầy tôi và được nhà sư Thiền Tuệ khuyên dựng chùa, làm tòa sen của Phật bà Quan Âm đặt trên cột đá như đã thấy trong chiêm bao và cho các nhà sư đi vòng xung quanh tụng kinh cầu kéo dài sự phù hộ, vì thế chùa mang tên Diên Hựu.

Hằng năm cứ đến ngày 8/4 Âm lịch, vua lại tới chùa làm lễ tắm Phật. Các nhà sư và nhân dân khắp Kinh thành Thăng Long cùng dự lễ. Sau lễ tắm Phật là lễ phóng sinh, vua đứng trên một đài cao trước chùa thả một con chim bay đi, rồi nhân dân cùng tung chim bay theo trong tiếng reo vui của một ngày hội lớn.

Cạnh chùa Một Cột còn có một ngôi chùa có cổng tam quan, với bức hoành phi ba chữ "Diên hựu tự", nguyên là công trình được dựng lần đầu tiên năm 1049, để mở rộng quy mô cho chùa Một Cột trong việc thờ cúng, tụng kinh Phật và sinh hoạt của các tăng ni (trong quần thể chùa Diên Hựu lúc đó). Kiến trúc còn lưu đến hiện nay của công trình này có niên đại khoảng nửa đầu thế kỷ 18 (đợt trùng tu năm 1847), phụ vào với chùa Một Cột.

Năm 1954, quân đội Viễn chinh Pháp trước khi rút khỏi Hà Nội đã cho đặt mìm phá chùa Một Cột. Sau khi tiếp quản thủ đô, Bộ Văn hóa đã tiến hành trùng tu lớn chùa Một Cột và chùa Diên Hựu theo kiến trúc cũ.

Chùa Láng, hay còn gọi là Chiêu Thiền tự ở Láng Thượng, quận Đống Đa, Hà Nội, tương truyền được xây dựng từ thời vua Lý Anh Tông (trị vì từ 1138 đến 1175). Chùa thờ Thiền sư Từ Đạo Hạnh.

Tục truyền khi nhà sư Từ Đạo Hạnh đắc đạo liền hóa kiếp ở chùa Sài Sơn (tức chùa Thày), huyện Quốc Oai, đầu thai làm con trai một nhà quý tộc Sùng Hiền hầu, em vua Lý Nhân Tông. Vì vua Lý Nhân Tông (trị vì từ 1072 đến 1127) không có con, nên con trai của ông Sùng Hiền hầu được nối ngôi, tức vua Lý Thần Tông (trị vì từ 1128 đến 1138). Do sự tích ấy mà con của Lý Thần Tông là Lý Anh Tông đã cho xây cất chùa Chiêu Thiền để thờ vua cha và tiền thân của Người là thiền sư Từ Đạo Hạnh. Chùa đã được trùng tu nhiều lần, những lần quan trọng nhất là vào các năm 1656, 1901 và 1989.

Cổng chùa bao gồm bốn cột vuông với ba mái cong không chùm lên cột mà gắn vào sườn cột, mái giữa cao hơn hai mái bên, hơi giống kiến trúc cổng ở cung vua phủ chúa ngày xưa.

Qua cổng là một sân gạch Bát Tràng, giữa sân là chiếc sập đá, nơi đặt kiệu trong các ngày lễ hội. Cuối sân có cửa tam quan. Từ đây có con đường lát gạch dẫn đến cổng thứ ba. Qua cổng này ở giữa có ngôi nhà bát giác nơi đặt tượng Từ Đạo Hạnh. Qua nhà bát giác này mới đến các công trình chính trong chùa: bái đường, nhà thiêu hương, thượng điện, các dãy hành lang, nhà tổ và tăng phòng... Động thập điện Diêm Vương ở hai dãy hành lang khá đẹp, miêu tả những hình phạt ở các tầng địa ngục.

Ngoài các tượng Phật ở thượng điện, trong hậu cung còn có tượng nhà sư Từ Đạo Hạnh và tượng vua Lý Thần Tông. Tượng Từ Đạo Hạnh làm bằng mây đan phủ sơn còn tượng Lý Thần Tông làm bằng gỗ mít.

Vì được trùng tu nhiều lần, trong chùa không còn dấu tích của các kiến trúc di vật cổ. Tấm bia cổ nhất còn lại ở đây được dựng năm Thịnh Đức thứ 4 (1656). Vẻ bề thế của quần thể kiến trúc hài hòa, cân xứng với không gian thoáng đãng khiến cho chùa Láng đã từng được coi là đệ nhất tùng lâm ở phía Tây kinh thành Thăng Long xưa.

Hội chùa Láng vào ngày mồng 7/3 âm lịch, là ngày sinh của Thiền sư Từ Đạo Hạnh. Trong ngày hội, kiệu của Từ Đạo Hạnh được rước đến chùa Hoa Lăng ở xã Dịch Vọng, nơi thờ bố mẹ ông.

Chùa Hoè Nhai tên chữ là Hồng Phúc tự, ở số 19 phố Hàng Than, phường Nguyễn Trung Trực, quận Ba Đình, Hà Nội. Tương truyền có từ đời nhà Lý, chùa trải qua nhiều lần sửa chữa lớn vào các năm 1687, 1899 và 1952. Phạm vi chùa trước kia khá lớn, sang thời Pháp thuộc bị thu lại như hiện nay.

Chùa được xây dựng theo kiểu chữ công. Phía trước là chính điện, phía sau là nhà tổ và tăng phòng, xung quanh là hành lang. Thượng điện còn giữ được nhiều bức chạm hình tứ linh và các cửa võng sơn son thếp vàng.

Chùa gồm 68 pho tượng Phật được làm bằng nhiều chất liệu khác nhau như: đồng hun, gỗ quý, đất nện, được sơn son thếp vàng và bày làm 6 lớp; trong đó có nhiều tượng cổ, cổ nhất là tượng Cửu Long (Thích Ca sơ sinh). Đặc sắc nhất là pho tượng kép, hình một vị vua quỳ để tượng Phật trên lưng. Tương truyền sau khi vua Lê Hy Tông đuổi nhiều hòa thượng lên núi, sư Tông Viễn đã thức tỉnh vua, nên vua Lê Hy Tông cho làm pho tượng này thể hiện sự sám hối của mình.

Chùa có một quả chuông mang niên hiệu Long Đức 3 (1734). Sân chùa có hai ngọn tháp cao 3 tầng. Trong chùa còn có đến 28 tấm bia, cổ hơn cả là bia dựng năm Chính Hoà 24 (1703) ghi rõ vị trí chùa ở phường Hoè Nhai, tại Đông Bộ Đầu tức Bến Đông.

Chính nhờ bia này mà giới sử học ngày nay xác định được vị trí trận chiến thắng ngày 29/1/1258 của quân nhà Trần (sử chép là chiến thắng Đông Bộ Đầu), đuổi quân Nguyên, giải phóng kinh thành, có vị trí ở khu vực gần chùa Hoè Nhai ngày nay. Chùa Hòe Nhai là “chốn tổ” của phái Tào Động, một trong hai phái lớn của Phật giáo ở miền Bắc Việt Nam.

Năm 1962, Thành Hội Phật giáo Hà Nội đã dựng tại đây tháp Ấn Quang để kỷ niệm Hòa thượng Thích Quảng Đức tu tại chùa Ấn Quang Sài Gòn đã tự thiêu ngày 11/6/1963, để phản đối chế độ Ngô Đình Diệm ở miền Nam.

Chùa Kim Liên (Kim Liên tự) là ngôi chùa nằm trên một doi đất bằng phẳng trong thôn Nghi Tàm, xã Quảng An, huyện Từ Liêm (nay thuộc phường Quảng An, quận Tây Hồ), thành phố Hà Nội.

Trong cuốn Văn hóa Việt Nam tổng hợp 1989-1995 do Ban Văn hóa Văn nghệ Trung ương xuất bản tại Hà Nội đánh giá Chùa Kim Liên là một trong 10 di tích kiến trúc cổ đặc sắc nhất Việt Nam.

​Vào thời Lý, vua Lý Thần Tông (1128-1138) cho lập ở vị trí này một cung điện mang tên cung Từ Hoa để công chúa Từ Hoa cùng các cung nữ trồng dâu, nuôi tằm, dệt vải nằm bên trong khu vực có tên là Trại Tằm Tang. Khi công chúa qua đời, trên nền cũ của cung điện dựng lên một ngôi chùa.

Sang thời Trần, trại Tằm Tang đổi thành phường Tích Liên và chùa được mang tên Đống Long. Đến thời Lê chùa mang tên Đại Bi. Tấm bia trong chùa dựng thời vua Lê Nhân Tông ghi rõ: "Năm Thái Hòa thứ nhất (tức năm 1443) dựng chùa, gọi là chùa Đại Bi".

Năm 1771 đời Lê Cảnh Hưng chùa được trùng tu, sửa chữa lớn và mang tên Kim Liên Tự (chùa Kim Liên). Năm 1792, đời vua Quang Trung, chùa được xây dựng lớn, về diện mạo cơ bản giống như hiện nay. Năm 1793 cũng đời vua Quang Trung chùa đã hoàn tất về diện mạo.

Tam quan chùa Kim Liên với kiến trúc gỗ độc đáo: một hàng bốn cột gỗ tròn, bên trên có hệ con sơn đua rộng ra phía tầng dưới, thu hẹp dần ở tầng tên đỡ bộ vì mái với những tàu đao vút cong. Đôi cột cái ở giữa to cao nâng dải mái vươn lên tạo thành cổng lớn, cao rộng hơn hai cổng hai bên. Kiến trúc tam quan của chùa còn có những bức chạm nổi trên mặt gỗ với hình rồng, hình hoa lá tinh xảo, uyển chuyển.

Phong cách kiến trúc của chùa Kim Liên, có lẽ do ảnh hưởng từ nguồn cội là một vị trí cung điện và thờ một tôn thất nhà Lý, nên đượm dáng vẻ cung đình. Bố cục của chùa bao gồm một trục đối xứng từ tam quan đến nhà Tổ.

Bên trong chùa Kim Liên có nhiều pho tượng rất đẹp. Các pho tượng đều mang phong cách điêu khắc thế kỷ 18-19. Chùa còn lưu giữ được một tấm bia cổ hiện dựng phía bên phải cổng chùa trên bệ đá niên hiệu: Thái Hòa tam niên Ất Sửu, tức năm 1445 thời Lê Nhân Tông. Đây là tấm bia cổ nhất ở Hà Nội hiện nay.

chùa thời Lý là nơi tu hành của các nhà sư,nơi văn hóa của làng xã và là nơi bái Phật