Trong giai đoạn 1884 - 1892. nhiều toán nghĩa quân hoạt động riêng rẽ ở Yên Thế, chưa có sự chỉ huy thống nhất. Thủ lĩnh có uy tín nhất lúc đó là Đề Nắm.
Sau khi Đề Nắm mất (tháng 4 - 1892), Đề Thám (Hoàng Hoa Thám) trở thành vị chỉ huy tối cao của phong trào.
- Giai đoạn 1893 -1908 là thời kì nghĩa quân vừa chiến đấu. vừa xây dựng cơ sở.
Nhận thấy tương quan lực lượng quá chênh lệch, Để Thám phải tìm cách giảng hoà với quân Pháp.
Sau khi phục kích bắt được tên điền chủ người Pháp là Sét-nay. Đề Thám đồng ý thả tên này với điều kiện Pháp phải rút quân khỏi Yên Thế ; Đề Thám được cai quản bốn tổng trong khu vực là Nhã Nam. Mục Sơn. Yên Lễ và Hữu Thượng.
Thời gian giảng hoà không kéo dài vì ngay từ đầu địch đã ráo riết lập đồn bốt, mở cuộc tấn công trở lại.
Lực lượng ca Đề Thám bị tổn thất, suy yếu nhanh chóng.
Để cứu vãn tình thế. Đề Thám phải chủ động xin giảng hoà lần thứ hai (tháng 12 - 1897). Thực dân Pháp chấp nhận nhưng đưa ra những điều kiện ngặt nghèo, buộc nghĩa quân phải thực hiện.
Từ năm 1897 đến năm 1908, tranh thủ thời gian hoà hoãn. Đề Thám cho khai khẩn đồn điền Phồn Xương, lo tích luỹ lương thực, xây dựng đội quân tinh nhuệ, sẵn sàng chiến đấu. Nhiều nhà yêu nước, trong đó có Phan Bội Châu và Phan Châu Trinh đã tìm lên Yên Thế, bắt liên lạc với Đề Thám.
- Giai đoạn 1909 - 1913, sau vụ đầu độc lính Pháp ở Hà Nội, phát hiện thấy có sự dính líu của Đề Thám, thực dân Pháp đã tập trung lực lượng, mở cuộc tấn công quy mô lên Yên Thế. Trải qua nhiều trận càn liên tiếp của địch, lực lượng nghĩa quân hao mòn dần. Đến ngày 10 - 2 - 1913, khi thủ lĩnh Đề Thám bị sát hại, phong trào tan rã.