Phân vi sinh có thể dùng để bón cho tất cả các loại cây trồng từ cây ăn quả, chè, lúa, ngô, rau xanh đến cây cảnh... đều rất tốt.
Muốn đạt hiệu quả cao khi sử dụng thì trong quá trình bón phân vi sinh nên hạn chế bón phân hoá học. Với cây ăn quả và cây lâu năm: bón theo hình chiếu tán cây, rắc phân và lấp một lớp đất mỏng phủ lên trên với liều lượng từ 1-2kg/gốc cây.
Với cây chè: bón vào rãnh giữa 2 luống chè với lượng 0,2-0,3kg/gốc.
Với cây lúa: bón 10kg/sào Bắc bộ có thể giảm được 50% phân urê và phân lân (sử dụng bón lót và sau khi làm cỏ đợt 1).
Với cây mạ: nên trộn đều với mầm mạ trước khi gieo (2kg/sào mạ cấy).
Với ngô: tiến hành bón lót trước khi gieo hạt với lượng 10kg/sào Bắc bộ cùng với 50% lượng phân urê và 50% phân lân theo đúng quy trình. Khi ngô có 3-4 lá, bón tiếp 10kg/sào Bắc bộ phân vi sinh và tiến hành vun gốc.
Với cây rau: chủ yếu dùng để bón lót (10-15kg/sào Bắc bộ).