* Diễn biến: Hai giai đoạn
+ Từ năm 1885-1888 nghĩa quân lo tổ chức, huấn luyện, xây dựng công sự, rèn đúc vũ khí và tích trữ lương thảo. Lực lượng nghĩa quân được chia thành 15 quân thứ. Mỗi quân thứ có từ 100 đến 500 người. Họ đã tự chế tạo được súng trường theo mẫu súng của Pháp.
+ Từ năm 1888 đến 1895 là thời kì chiến đấu của nghĩa quân. Dựa vào vùng rừng núi hiểm trở có sự chỉ huy thống nhất và phối hợp tương đối chặt chẽ, nghĩa quân đã đẩy lui nhiều cuộc
Hánh quân và càn quét của giặc.
-TDP tập trung binh lực và xây dựng 1 hệ thống đồn, bốt dày đặc nhằm bao vây, cô lập nghĩa quân. Đồng thời chúng mở nhiều cuộc tấ công quy mô vào Ngàn Trươi.
Nghĩa quân phải chiến đấu trong điều kiện ngày càng gian khổ hơn, lực lượng suy yếu dần.
Sau khi chủ tướng Phan Đình Phùng hi sinh, cuộc khởi nghĩa được duy trì thêm một thời gian dài rồi tan rã.
* Kết quả:Cuộc khởi nghĩa thất bại.