Nguyên nhân chính của việc ngộ độc thực phẩm là do ăn, uống thực phẩm đã bị nhiễm khuẩn hoặc bị ô nhiễm hóa học (kim loại nặng, độc tố vi nấm...). ... Sinh vật truyền nhiễm, bao gồm cả vi khuẩn khác nhau, vi rút và ký sinh trùng hoặc độc tố, dịch tiết của chúng là nguyên nhân phổ biến nhất của ngộ độc thực phẩm.

1. Do bản thân thực phẩm có độc

Một trong những nguyên nhân gây nên ngộ độc thực phẩm phải kể tới chính là nạn nhân ăn phải thực phẩm bản thân đã có độc. Các loại thực phẩm bản thân có độc có thể kể tới như là:

• Các loại nấm độc như nấm bắt ruồi, nấm chõ, nấm mũ trắng…
• Một số nhuyễn thể biển có độc tố.
• Ăn phải loại cá nóc vì loại này dù tươi hay khô hoặc đã nấu chín cũng không giải được độc tố.
• Ăn cóc có dính nhựa độc vào thịt khi chế biến không đúng cách dù thịt cóc có tỷ lệ đạm cao và nhiều yếu tố vi lượng nhưng ở da, nhựa gan, ruột, phổi, trứng… lại có nhiều chất độc. Tuyệt đối không được dính vào thịt khi chế biến.
• Ăn phải khoai tây mọc nấm vì khi nảy mầm khoai tây sẽ hình thành hợp chất solamin – một độc tố nhưng phân bố ở vỏ nhiều hơn ruột. Với hàm lượng 0,2 – 0,4g/kg trọng lượng đã có thể gây chết người.
• Do ăn sắn có chất acid cyanhydric (HCN), nhất là củ sắn đắng và sắn có vỏ đỏ sẫm. Vỏ nhiều chất độc hơn ruột nên phải bỏ vỏ, cắt khúc ngâm nước vài giờ, khi luộc mở vung đun nước đầu sôi đổ đi cho nước khác vào luộc đến chín.

2. Ngộ độc do thực phẩm nhiễm chất hóa học

Vấn đề thực phẩm nhiễm chất hóa học trong quá trình nuôi trồng, bảo quản và chế biến gây ngộ độc do người tiêu dùng gần đây được xã hội quan tâm đặc biệt. Thực phẩm bị nhiễm chất hóa học gây ngộ độc do những nguyên nhân sau đây gây nên.

Do hóa chất trừ sâu trong trồng trọt : Việc nông dân sử dụng hóa chất nhóm lân hữu cơ, nhóm carbamate, nhóm thuốc diệt chuột…để tăng sản lượng hoa màu trong nông nghiệp mà không thực hiện đúng thời gian cách ly trước khi thu hái cũng gây dư tồn thuốc dẫn tới nhiễm độc cho thực phẩm. Để đề phòng cần rửa rau dưới vòi nước, ngâm nước một vài giờ cho hòa tan chất độc, cần gọt hay bóc vỏ hoàn toàn trước khi ăn.

Do sử dụng hormon tăng trưởng : Để tăng sản lượng chăn nuôi trong thời gian ngắn người sản xuất đã đưa các chất như cortison, clenbuterol… những chất này có thể gây loạn nhịp tim, tổn thương tế bào cơ tim, run cơ, tăng huyết áp… Nguy hiểm nhất còn dùng cả etradiol có thể gây ung thư vì có hại cho gen.

Với các loại thực phẩm như thịt lợn có chứa hormon thường nhạt màu không hồng tươi như thịt bình thường, sờ tay vào không có cảm giác dính và đàn hồi. Hormon lại giữ nước nên tỷ lệ nước trong thịt nhiều, lấy một mẩu giấy khô thấm vào miếng thịt nếu không thấy thấm nước là thịt tốt, còn nếu thấm ướt hết giấy thì hạn chế trong việc chọn mua và chế biến.

Do sử dụng một số phụ gia thực phẩm (không được phép hoặc quá liều) trong các sản phẩm tiêu dùng.

• Chất ngọt tổng hợp : Saccarin ngọt gấp 450 lần đường kính. Dùng lâu dài gây ức chế men tiêu hóa khó tiêu, còn có thể gây ung thư bàng quang. Hiện nay, người ta dùng đường isomal cho an toàn.
• Mỳ chính : Làm tăng độ ngọt và hương vị thức ăn nên hay dùng trong nấu ăn hằng ngày tại gia đình, đặc biệt là thức ăn đường phố như phở, miến, hủ tiếu… Lạm dụng mỳ chính sẽ có thói quen với độ ngọt nhân tạo, có thể gây nhức đầu, tức ngực nên chỉ dùng dưới 2g/ngày, còn trẻ nhỏ dưới 12 tháng không nên dùng.
• Nitrit và nitrat : Dùng trong bảo quản thịt nguội, thịt xông khói. Dùng nhiều có thể gây ung thư nhất là dạ dày. Bản thân nitrat không hại nhưng dễ biến thành nitrit, chất này kết hợp với các amin tạo ra nitrosamin là chất hóa học có khả năng gây ung thư. Trong cơ thể, nitrit chuyển hóa hemoglobin thành methemoglobin (methemoglobin) không vận chuyển được ôxy cho tế bào gây ra các triệu chứng ngộ độc như chóng mặt, nhức đầu, buồn nôn, nôn mửa…

Dưa muối chứa lượng nitrit cao và tăng lên trong vài ngày đầu mới muối cải do quá trình vi sinh khử nitrat có trong rau thành nitrit nhưng giảm dần và mất hẳn khi dưa vàng, chỉ khi dưa đã muối để lâu hoặc bị khú sẫm màu thì nitrit lại tăng cao. Vì thế, bạn cần sử dụng dưa muối khi dưa vừa chín tới và không để quá lâu.

• Hàn the : Hàn the được xem là thần dược giúp người buôn bán giữ được sản phẩm tươi lâu và duy trì độ đẹp mắt của sản phẩm. Tuy nhiên, hàn the lại không tốt cho cơ thể con người. Hàn the có khả năng tích tụ trong cơ thể gây tổn thương, thoái hóa cơ quan sinh dục, có thể gây ngộ độc cấp tính làm tổn thương gan, thận… Hàn the còn bài tiết qua sữa và nhau thai gây ngộ độc cho thai nhi. Hàn the đã bị cấm sử dụng làm phụ gia thực phẩm.
• Formol : Formol làm cho bánh phở bảo quản được lâu hơn và dai hơn. Formol gây hắt hơi, đau cổ, viêm thanh quản hoặc gây viêm da dị ứng. Hàm lượng cao còn làm suy giảm miễn dịch.
• Đựng thực phẩm bằng nilon : Nilon đều được sản xuất từ nhựa tái sinh hoặc từ chất dẻo polyvinyl mà phân tử đơn lẻ của chất này có khả năng gây ung thư và lại dễ nhiễm khuẩn nên rất có hại. Với nhiều loại bao bì trong quá trình sản xuất người ta trộn thêm một ít hóa chất làm tăng độ dẻo và bền cũng gây ngộ độc nhất là đựng thực phẩm có mỡ, giấm, mặn, nóng… chất độc dễ ngấm vào.

Vì thế mà việc dùng nilon đựng thực phẩm cũng được xem như là một trong những nguyên nhân gây ngộ độc thực phẩm.