Về kinh tế:
Do sự phát triển không đồng đều của các thành viên, đặc biệt giữa các nước Tây Âu với các nước mới gia nhập ở Trung và Đông Âu, những mâu thuẫn đã phát sinh trước vấn đề bình đẳng về quyền lợi và nghĩa vụ.
Do sự hạn chế trong cơ chế phối hợp điều hành trong khu vực Eurozone, nhất là giữa tiền tệ và tài khóa, do chính sách tài khóa thiếu bền vững và sự mất cân đối trong việc vay nợ của các quốc gia, từ nửa cuối 2009, một loạt nước EU như Hy Lạp, Tây Ban Nha, Bồ Đào Nha, Ireland rơi vào khủng hoảng nợ công.
Riêng Hy Lạp, nợ công lên tới 150,3%, tương đương 300,8 tỉ Euro, buộc Liên minh phải ra tay cứu giúp nếu không muốn chứng kiến một sự ly khai của nước này khỏi Eurozone (Grecxit).
Bên cạnh đó, là cuộc khủng hoảng bong bóng bất động sản (Tây Ban Nha). Nhiều nước châu Âu, trong đó có các trụ cột như Pháp, Italy... rơi vào suy thoái kinh tế (năm 2013, Pháp chịu tăng trưởng -0,3%), kèm theo đó là tỷ lệ thất nghiệp cao, ở mức hai con số (11% trên toàn châu Âu).
Về chính trị-xã hội:
Với một cơ cấu tổ chức cồng kềnh, nhiều ban bệ, EU đã tỏ ra kém hiệu quả trong việc xử lý các vấn đề của mình. Nổi lên gần đây là vấn đê người tỵ nạn và khủng bố.
Sau rất nhiều cuộc họp để đối phó với dòng người tỵ nạn từ các khu vực xung đột ở Trung Đông và Bắc Phi đổ tới, EU cho tới nay vẫn chưa tìm được tiếng nói chung do còn quá nhiều bất đồng trong vấn đề này, đặc biệt giữa các nước khu vực phía Đông và các nước khu vực phía Tây Liên minh.
Trước hết là việc phân bổ định mức người tỵ nạn. Nếu như các nước Tây Âu ủng hộ một "sự thống nhất linh hoạt", sẵn sàng mở cửa tiếp nhận người nhập cư, thì các nước Đông Âu (như nhóm Visegrad gồm Ba Lan, Hungary, Slovakia, Czech) lại ra sức bác bỏ hạn ngạch tiếp nhận người tị nạn.
Hungary và Slovakia còn khiếu nại lên Tòa án Công lý châu Âu để phản đối kế hoạch chia sẻ tiếp nhận người tị nạn của EU. Hồi cuối tháng 11/2016, hàng triệu người dân Hungary đi bỏ phiếu trả lời “không” cho vấn đề EU áp đặt việc tái định cư người tị nạn tại nước này. Đây là đỉnh cao của sự bất tuân giữa một nước thành viên EU với chính sách chung của Liên minh.
Hàng loạt các vụ tấn công khủng bố xảy ra tại Pháp, Đức, Bỉ, Anh...dưới nhiều cấp độ, hình thức đã đặt châu Âu vào một cuộc chiến vô hình, hết sức khó khăn. Các nhà lãnh đạo EU buộc phải xem xét lại tính hiệu quả trong hợp tác an ninh và các hình thức kiểm soát đường biên cùng việc đi lại trong khối Schengen.
Khó khăn kinh tế, thất nghiệp cùng cuộc khủng hoảng người tỵ nạn và các vụ khủng bố đang kích thích thái độ kỳ thị, bài Hồi giáo, bài ngoại, đòi bảo vệ bản sắc, bảo vệ lợi ích dân tộc...tạo điều kiện cho các đảng cực hữu và phong trào dân túy phát triển.
Brexit là sự phản ứng của nước Anh trước một cơ chế EU khiến họ mất đi quyền độc lập, tự chủ, nhưng lại đòi hỏi những nghĩa vụ và trách nhiệm của một nước "trụ cột", mà theo họ là quá nặng.
Hoài nghi, cân nhắc hơn thiệt, từ lâu nay, Anh vẫn luôn giữ thái độ "nước đôi" với EU. Nước Anh bảo thủ vẫn duy trì đồng Bảng của riêng minh chứ không chịu gia nhập Eurozone. Nước Anh vẫn thích vị trí một đảo quốc độc lập hơn là hội nhập với nhóm Schenghen tại châu Âu lục địa.
Không chỉ ở Anh, tư tưởng ly khai có ở mọi thành viên EU và chỉ chờ thêm điều kiện để trở thành hiện thực. Người ta đang nín thở theo dõi các cuộc bầu cử quan trọng trong năm 2017 ở Hà Lan, Pháp, Đức với đà thăng tiến của các đảng cực hữu và phong trào dân túy được sự khích lệ của Brexit và việc Donald Trump lên làm Tổng thống Mỹ.