Những điều kiện môi trường chủ yếu ảnh hưởng đến chất lượng nông, lâm, thuỷ sản trong quá trình bảo quản là độ ẩm, nhiệt độ không khí và sinh vật gây hại. Thiệt hại có thể tăng cao khi cả hai yếu tố độ ẩm và nhiệt độ đều tăng.
+ Độ ẩm không khí cao, vượt quá giới hạn cho phép làm cho sản phẩm ẩm trở lại, thuận lợi cho vi sinh vật và côn trùng phát triển. Độ ẩm cho phép bảo quản thóc gạo là 70-80%, rau quả tươi là 85-90%.
+ Nhiệt độ không khí tăng thuận lợi cho vi sinh vật và côn trùng gây hại, thúc đẩy các phản ứng sinh hoá của sản phẩm, làm giảm chất lượng. Đánh thức quá trình ngủ, nghỉ của củ, hạt. Nếu có cả điều kiên nhiệt độ và độ ẩm cao, củ, hạt có thể nảy mầm dẫn tới củ, hạt bị hư hỏng. Khi nhiệt độ môi trường bảo quản tăng 10oC, phản ứng sinh hoá trong rau quả tươi tăng 2-3 lần.
+ Trong môi trường tự nhiên, luôn có mặt các sinh vật gây hại như nấm, vi sinh vật, sâu bọ, chuột... Khi gặp điều kiện môi trường thích hợp, chúng phát triển nhanh, xâm nhập và phá hoại nông, lâm, thuỷ sản