Sau khi đánh bại các kẻ thù ở phía Nam, năm 1786 Nguyễn Nhạc phái Nguyễn Huệ đưa quân ra Bắc với nhiệm vụ chiếm lại Phú Xuân và Thuận Hóa (Bình-Trị-Thiên) vốn thuộc đất Đàng Trong, rồi củng cố hệ thống thành lũy ở bờ nam sông Gianh để phòng quân Trịnh.

Tháng 6 năm 1786, quân Tây Sơn dưới quyền chỉ huy của Nguyễn Huệ đã nhanh chóng đánh chiếm Phú Xuân (18-6-1786) và tiến ra giải phóng toàn bộ đất Thuận Hóa vừa bị quân Trịnh chiếm đóng. Đến đây, nhiệm vụ Nguyễn Nhạc giao cho đã được hoàn thành thắng lợi. Nhưng nếu dừng lại ở đây thì có nghĩa là tự giới hạn phong trào Tây Sơn trong phạm vi Đàng Trong, thừa nhận tình trạng đất nước bị chia cắt và để mặt nhân dân Bắc Hà rên xiết dưới chế độ vua Lê - chúa Trịnh.

Ở Đàng Ngoài, chế độ của các chúa Trịnh đã trở nên mục nát và mất lòng dân nghiêm trọng. Từ những năm 30 của thế kỷ XVIII, cuộc chiến tranh nông dân đã bùng nổ và đến giữa thế kỷ đã lan rộng khắp Đàng Ngoài. Cuộc khởi nghĩa Nguyễn Danh Phương (1740-1751), Nguyễn Hữu Cầu (1741-1750) kéo dài trên dưới 10 năm. Cuộc khởi nghĩa Lê Duy Mật (1738-1770), Hoàng Công Chất (1739-1769) kéo dài trên dưới 30 năm. Phong trào khởi nghĩa đã lôi cuốn đông đảo nông dân miền xuôi và nhiều dân tộc thiểu số miền núi đứng dậy đấu tranh, làm lung lay nền thống trị của chúa Trịnh.

Vào cuối thế kỷ XVIII, phong trào nông dân Đàng Ngoài có lắng xuống, nhưng các mâu thuẫn xã hội vẫn gay gắt và những mâu thuẫn trong nội bộ chính quyền Lê-Trịnh, giữa các phe phái phong kiến lại bộc lộ trong âm mưu đoạt quyền tranh ngôi. Năm 1782, Tĩnh Đô Vương Trịnh Sâm vừa chết thì nổ ra cuộc tranh chấp giữa con trưởng là Trịnh Khải và con thứ là Trịnh Cán. Trịnh Khải dựa vào quân Tam phủ (quân đội thường trực bảo vệ kinh thành) để phế Trịnh Cán và trừng trị những kẻ đối lập. Nhưng từ đó quân lính kiêu căng, lộng hành, gây ra nhiều cuộc binh biến làm rối loạn kinh thành và làm cho chính quyền chúa Trịnh càng suy sụp.

Thấy rõ tình hình Bắc Hà, Nguyễn Huệ quyết định đưa phong trào Tây Sơn phát triển ra Đàng Ngoài. Đó là một quyết định có ý nghĩa lịch sử chứng tỏ tầm mắt nhìn xa thấy rộng và tấm lòng yêu nước thương dân, ý chí thống nhất đất nước mạnh mẽ của Nguyễn Huệ. Biết rằng vua Lê chỉ là bù nhìn và nhân dân Bắc Hà còn luyến tiếc triều Lê, Nguyễn Huệ đề ra khẩu hiệu Phù Lê diệt Trịnh để tập trung mũi nhọn đấu tranh vào chúa Trịnh.

Bài hịch xuất quân đánh Trịnh cho thấy rõ lý do đưa Nguyễn Huệ đến quyết định kiên quyết và táo bạo đó:

Quảng Nam đã quét sạch bụi trần,

Thuận Hóa lại đem về bờ cõi.

Nam: một dải tăm kình phẳng lặng, cơ thái bình đứng đợi đã gần.

Bắc: mấy thành tin nhạn chưa yên, để cứu viện ngồi trông sao tiện.

Vả bấy nay, thần nịnh chúa hôn, mở bình trị lòng trời hẳn muốn.

Lại gặp bội binh kiêu dân oán, sửa mối giềng tài cả phải ra.

Từ phía nam Hoành Sơn đã chứng kiến nỗi đau chia ly của hơn 200 năm đất nước bị chia cắt, lệnh xuất quân của chủ soái Tây Sơn biểu thị quyết tâm và niềm tin sắt đá:

Chước vạn toàn đã tạc đá Hoành Sơn.

Binh tức khắc lại giương buồm Bắc Hải

Chỉ trong khoảng 10 ngày, quân đội Tây Sơn được nhân dân Bắc Hà ủng hộ, đã đánh tan toàn bộ quân Trịnh và lật nhào nền thống trị trên 200 năm của các chúa Trịnh. Ngày 21-7-1786, Nguyễn Huệ dẫn đại quân tiến vào Thăng Long và đặt chỉ huy sở ở Phủ chúa.

Sự nghiệp thống nhất đất nước của phong trào Tây Sơn dĩ nhiên có mặt hạn chế của nó, nhưng đặt trong bối cảnh lịch sử lúc bấy giờ, phải được coi là một cống hiến vĩ đại. Đấy là sự nghiệp thống nhất đất nước lần đầu tiên được thực hiện trên một lãnh thổ rộng lớn gần như tương ứng với lãnh thổ Việt Nam hiện đại. Nguyễn Huệ là người anh hùng đã tổ chức và lãnh đạo phong trào Tây Sơn lập nên kỳ tích đó.