Để tránh thất bại hoàn toàn ở miền Nam Việt Nam sau cuộc "Đồng khởi" (1959-1960), Mỹ buộc phải thay đổi chiến lược, từ chiến lược "Chiến tranh đơn phương" (l954-1960) sang chiến lược "Chiến tranh đặc biệt" (1961-1965).

"Chiến tranh đặc biệt'' là hình thức chiến tranh xâm lược thực dân mới của Mỹ, được tiến hành bằng quân đội tay sai, dưới sự chỉ huy của hệ thống cố vấn" quân sự và dựa vào vũ khí, trang bị kỹ thuật, phương tiện chiến tranh của Mỹ nhằm chống lại các lực lượng cách mạng và nhân dân ta. Âm mưu cơ bản của "Chiến tranh đặc biệt" là "dùng người Việt đánh người Việt".

Thực hiện kế hoạch chiến lược Chiến tranh Đặc Biệt trên, Mỹ tăng nhanh viện trợ quân sự cho Diệm, đưa vào miền Nam số lượng ngày càng lớn "cố vấn" quân sự và lực lượng hỗ trợ chiến đấu. Số lượng đó tăng lên hàng năm: cuối năm 1960 có 1.100 tên; cuối năm 1962 có 11.000 ; cuối năm 1964 có 26.000. Bộ chỉ huy quân sự Mỹ (MACV) được thành lập tại Sài Gòn ngày 8-2-1962 thay cho Đoàn cố vấn viện trợ quân sự (MAAG) được thành lập năm 1950.

Để phối hợp, chính quyền Sài Gòn ra sức bắt lính, tăng nhanh lực lượng quân ngụy, từ 170.000 (giữa 1961) lên 560.000 (cuối 1964). Quân ngụy được trang bị hiện đại, sử dụng phổ biến các chiến thuật mới, như "trực thăng vận", "thiết xa vận".

Được sự hỗ trợ chiến đấu và chỉ huy của cố vấn Mỹ, quân ngụy liên tiếp mở nhiều cuộc hành quân càn quét nằm trong chiến lược Chiến tranh Đặc Biệt nhằm tiêu diệt lực lượng cách mạng, tiến hành nhiều hoạt động phá hoại miền Bắc, hoạt động kiểm soát, phong tỏa biên giới và vùng biển.

Dựa vào lực lượng quân sự và bằng những cuộc hành quân càn quét, chính quyền Sài Gòn đã ráo riết dồn dân, lập "Ấp chiến lược" (sau đổi là "Ấp tân sinh"), dự định dồn 10 triệu nông dân vào 16.000 ấp trong tổng số 17.000 ấp toàn miền Nam bằng thủ đoạn cưỡng ép. Chúng lập ấp đến đâu thì giăng đồn bốt, lập bảo an, dân vệ, chính quyền đến đó để kìm kẹp. Nhân dân trong các "Ấp chiến lược" bị kiểm soát gắt gao, ngột ngạt, như trong các trại tập trung. "Ấp chiến lược" được coi là "quốc sách" và gần như một cuộc chiến tranh tổng lực nhằm đẩy lực lượng cách mạng ra khỏi các xã, ấp, tách dân khỏi cách mạng tiến tới nắm dân, thực hiện chương trình "bình định" miền Nam.