Trong khi Phan Bội Châu đang đẩy mạnh cuộc vận động vũ trang giải phóng dân tộc và các tỉnh Trung Kì đang sôi sục với cuộc vận động Duy tân, ở Hà Nội, các sĩ phu tiến bộ như Lương Văn Can, Nguyễn Quyền…cùng nhau mở một trường học tư lấy tên là Đông Kinh nghĩa thục. Trường bắt đầu hoạt động từ tháng 3-1907. Đây là một kiểu trường học được xây dựng theo mô hình của Nhật Bản, xuất hiện từ thời Duy tân Minh trị.
Nội dung học bao gồm các môn Lịch sử, Địa lí, Cách trí, Vệ sinh…
Trường còn tổ chức biên soạn, dịch thuật một số sách báo thấm đượm tinh thần duy tân và yêu nước. Ngoài việc giảng dạy chính thức, nhà trường còn tổ chức những buổi diễn thuyết, bình văn để cổ động học chữ Quốc ngữ, hô hào mở hội kinh doanh công thương, kịch liệt lên án bọn quan lại hủ bại, chống việc học và thi cử theo lối cũ, bài trừ mê tín, hủ tục….Các buổi bình văn còn là cơ hội giới thiệu công khai thơ văn yêu nước, kêu gọi đoàn kết đấu tranh.
Không bó hẹp trong phạm vi một trường học, những hoạt động của Đông Kinh nghĩa thục đã vươn ra ngoài xã hội, làm cho nhà trường nhanh chóng trở thành một trung tâm của phong trào Duy tân ở Bắc Kì.
Hoạt động của Đông Kinh nghĩa thục khiến thực dân Pháp lo ngại. Tháng 11-1907, chúng ra lệnh đóng cửa trường. Hầu hết giáo viên Đông Kinh nghĩa thục bị bắt, sách báo bị cấm hoặc bị tịch thu, các tổ chức có liên quan với nhà trường đều bị giải tán.
Mặc dù Đông Kinh nghĩa thục mới hoạt động được 9 tháng (từ tháng 3 đến tháng 11-1907), nhưng đã có những đóng góp lớn trong cuộc vận động văn hóa đầu thế kỉ XX.
Bên cạnh cuộc vận động yêu nước do các sĩ phu tiến bộ khởi xướng, vào thời gian này còn có phong trào đấu tranh của binh lính người Việt trong quân đội Pháp và sự tiếp diễn của khởi nghĩa Yên Thế.

Mở đầu là vụ đầu độc lính Pháp ở Hà Nội năm 1908. Vụ đầu độc này nằm trong kế hoạch khởi nghĩa của binh lính người Việt ở Hà Nội kết hợp với nghĩa quân Yên Thế.