Từ sau năm 1909, nghĩa quân gặp nhiều khó khăn về mọi mặt. Lúc này, phong trào Cần Vương đã tan rã nên thực dân Pháp có điều kiên tập trung lực lượng để đàn áp khởi nghĩa Yên Thế; thêm vào đó, chúng lại có thủ đoạn cho tay sai sát hại thủ lĩnh của cuộc khởi nghĩa.
Về phía nghĩa quân, lực lượng bị tiêu hao dần, dẫn đến tan rã. Phong trào bó hẹp trong một địa phương, bị cô lập; so sánh lực lượng quá chênh lệch.
Đây là một vài ý ngoài, bạn ghi cũng được:
Tư tưởng lãnh đạo của Đề Thám (chủ hòa) không hợp với nhiều nghĩa quân (chủ chiến).
Nhiều nghĩa quân đã bị trói buộc vào tình trạng tá điền không công cũng gây nên sự rạn nứt trong nội bộ của nghĩa quân.
Nghĩa quân Yên Thế chưa lấy được lòng dân do đôi khi nghĩa quân vẫn cướp bóc, sách nhiễu dân chúng.
Mục tiêu của cuộc khởi nghĩa chỉ là để giữ một vùng đất nhỏ độc lập với chính quyền của Pháp, chỉ phù hợp với nông dân lưu tán cư trú ở Yên Thế, mà không cuốn hút được các thành phần xã hội khác ở Việt Nam lúc đó.
Thiếu cộng tác với các phong trào chống Pháp khác tại Việt Nam lúc đó.