Dựa vào hình dạng, vi khuẩn có thể được chia là ba nhóm: hình que, hình cầu, hình xoắn.

- Sắp xếp các nhóm vi khuẩn theo hình dạng:

+ Nhóm hình que: E.coli ; bacillus subtilis

+ Nhóm hình cầu: 

+ Song cầu (Diplococci) là những cầu khuẩn đứng thành từng đôi như phế cầu (Streptococcus pneunoniae), lậu cầu (Neisseria gonorrhoeae) và não mô cầu (Neisseria meningitidis – Meningococcus). Nếu có nhiều đôi nối đuôi nhau chúng sẽ tạo thành chuỗi.

+ Liên cầu (Streptococci) là những cầu khuẩn đứng thành chuỗi.

+ Tụ cầu (Staphylococci) là những cầu khuẩn đứng thành từng đám như chùm nho như tụ cầu vàng.

+ Nhóm hình xoắn: