Bởi vì thế của đất nmước l;uc này lâm vào canh "NAM BẮC ĐỀU Mong" do Năm 1787 Sự xung đột, bất hòa giữa hai anh em Nguyễn Nhạc, Nguyễn Huệ khiến kẻ địch lợi dụng ở cả hai miền Nam Bắc.

Ở Bắc Hà, sau khi quân Tây Sơn rút đi, các thế lực của chúa Trịnh trỗi dậy lập Trịnh Bồng lên ngôi vương, tái lập chính quyền chúa Trịnh. Vua Lê Chiêu Thống mời Nguyễn Hữu Chỉnh đang trấn ở Nghệ An ra dẹp Trịnh Bồng. Nguyễn Hữu Chỉnh nhanh chóng đánh tan quân Trịnh, đốt phủ chúa, Trịnh Bồng bỏ đi mất tích. Nguyễn Hữu Chỉnh nhân lúc Tây Sơn có biến bèn chuyên quyền, muốn chống lại Tây Sơn.

Trong khi đó tại miền Nam, giữa năm 1787, Nguyễn Ánh từ Xiêm quay trở lại Gia Định. Nguyễn Lữ bỏ Phạm Văn Tham một mình chiến đấu với quân Nguyễn và tự ý rút về Quy Nhơn (xem thêm bài Nguyễn Lữ).

Trước tình hình Nam, Bắc đều có biến, Nguyễn Huệ quyết định giải quyết vấn đề phía Bắc trước. Ông phái Vũ Văn Nhậm, con rể của Nguyễn Nhạc, ra tiêu diệt Nguyễn Hữu Chỉnh. Tuy nhiên, tình hình vẫn không sáng sủa, đến lượt Vũ Văn Nhậm chuyên quyền và có ý chống Nguyễn Huệ. Tháng 4 năm 1788, Lê Chiêu Thống đã bỏ kinh đô lưu vong, Nguyễn Huệ phải đem quân ra Bắc lần thứ hai nhằm giết Vũ Văn Nhậm
Ông đã tổ chức lại hệ thống cai trị ở Bắc Hà, mời các danh sĩ có tên tuổi như Ngô Thì Nhậm, Phan Huy Ích và Đại tư mã Ngô Văn Sở đảm đương công việc. Sau khi đã lập Sùng nhượng công Lê Duy Cận làm Giám quốc, Nguyễn Huệ lại rút quân về Phú Xuân vì tình hình chiến trường Nam Bộ rất gay go.

Phạm Văn Tham không chống nổi các tướng của Nguyễn Ánh, thành Gia Định thất thủ và sau đó ông liên tiếp thua trận. Nguyễn Nhạc tuổi cao lắm bệnh, bất lực không thể cứu ứng Nam Bộ, xin nhường ngôi hoàng đế, đất đai và binh quyền cho Nguyễn Huệ và thỉnh cầu ông vào cứu. Để chuẩn bị Nam tiến, Nguyễn Huệ tổng động viên binh lính ở Thuận Hoá, ngày đêm tập luyện. Tuy nhiên, khi ông chưa kịp tiến vào Nam thì lại nghe tin nhà Thanh nghe lời Lê Chiêu Thống cầu viện, sai Tôn Sĩ Nghị mang 29 vạn quân và dân công vượt ải Nam Quan vào Đại Việt. Các tướng giữ Bắc Hà của ông lui về giữ Biện Sơn cố thủ.

Nguyễn Huệ đứng trước hai lựa chọn: Nam tiến hoặc Bắc tiến. Cả hai mặt trận đều nước sôi lửa bỏng và cần đến ông, tuy nhiên, nếu ông quá sa vào một mặt trận thì mặt trận kia sẽ vỡ. Mặc dù nhận thức được quân Mãn Thanh phía Bắc là nguy cơ lớn hơn và gấp gáp hơn nhưng Nguyễn Huệ không thể đánh địch theo chiến thuật trường kỳ như triều đại nhà Lý, nhà Trần trước đó đã làm để chống quân phương Bắc. Vì vậy ông quyết định chọn cách đánh thần tốc để sớm giải quyết chiến trường miền Bắc.

Sau khi lên ngôi hoàng đế, lấy niên hiệu Quang Trung, ngay hôm sau ông cất đại quân ra Bắc. Ngay trước khi đi, ông sai một bầy tôi tin cẩn là Diệm cầm thư của ông vào Nam dặn tướng Phạm Văn Tham cố phòng thủ chờ tiếp viện.
>>>>Tương truyền,trước khi ra quân đánh quân Thanh, tại lễ đăng quang ở Phú Xuân, Nguyễn Huệ lập kế để động viên quân sĩ.
Sau lúc làm lễ, Quang Trung sai mang đến cái mâm, trên để các đồng tiền, có phủ vải điều, rồi tuyên bố với quân sĩ:
Ba quân hãy cùng ta quan sát, nếu cả hai trăm đồng tiền này đều sấp, thì đó là điềm trời báo chúng ta đại thắng. Nhược bằng, có đồng ngửa, thì đó là đại sự của chúng ta có điều trắc trở. 
Nguyễn Huệ chắp tay khấn vái, đặng bưng mâm tiền, cung kính dâng lên cao, rồi hất tung xuống sân. Quân sĩ thấy các đồng tiền nhất loạt đều sấp, reo hò mừng rỡ, tin chắc trận ra bắc sẽ thắng quân Thanh.Kỳ thực, Nguyễn Huệ đã sai đúc 200 đồng tiền có cả 2 mặt đều là mặt sấp.